Al enterarse el papa ALEJANDRO IV, de que en Mantua se han adoptado un cierto número de estatutos que ponen trabas al absolutismo de la Inquisisición, da inmediatamente orden al obispo de aquella ciudad que examine el caso y anule todo aquello que pueda entorpecer o retardar las operaciones del Santo Oficio, autorizando al prelado, en caso de resistencia, para excomulgar a los magistrados y lanzar el entredicho a la ciudad.

Bula Libet ab inicio por la que el papa PABLO III extiende la Inquisición castellana a toda la Iglesia Católica. En efecto, el Papa instituye una comisión cardenalicia permanente, más tarde conocida con el nombre de Congregación de la Inquisición o del Santo Oficio. A esa congregación se le confió la tarea de dirigir y coordinar la acción de los tribunales periféricos, que a su vez fueron reactivados. Se ponen así las bases de aquella estructura inquisitorial controlada por la Santa Sede. También pone en marcha, la elaboración del primer índice de libros prohibidos por la Iglesia (que se publicaría en 1559). Su oposición a las peticiones de Enrique VIII lleva a la ruptura entre el Papado y la Iglesia de Inglaterra, que pasa a estar bajo la autoridad de la Corona inglesa.

Nombramiento como inquisidor general de FERNANDO de Valdés. La figura de este hombre, al frente de la inquisición durante veinticinco años, marcó su devenir, al ser el quien se encargó de acometer la serie de reformas de actividades, leyes y competencias del Tribunal. Su carácter metódico y sistemático le llevó a planificar detalladamente todos los reajustes necesarios para que el engranaje del Santo Oficio recibiera grasa nueva con que seguir funcionando. En fin, ordenó publicar las nuevas normas de funcionamiento del Tribunal en un trabajo que reunía veintiocho cláusulas que habrían de regir en adelante el funcionamiento de los tribunales inquisitoriales y a las que debía ceñirse el personla del Santo oficio.

En Francia sobrevivió nominalmente la inquisición medieval, aunque a partir de la primera mitad del siglo XVI la tarea de combatir la herejía fue progresivamente asumida por el poder regio.

Se publica por la Inquisición Romana un Índice de libros prohibidos.

MIGUEL SERVET, médico y teólogo español, hombre de vastísima cultura, es perseguido por la Iglesia Católica por haber escrito al menos dos libros en los que niega el origen evangélico de la Santísima Trinidad. (SERVET no fue perseguido por haber descubierto en 1546, en París, la circulación pulmonar de la sangre). Detenido en Viena por la Inquisición Católica logra huir y se refugia en Ginebra, la ciudad que CALVINO ha convertido en laboratorio de la reforma protestante. Los luteranos lo apresan y lo juzgan por herejía. El duelo dialéctico que sostiene con Calvino, antiguo antagonista, hará historia. El porqué SERVET se refugia en Ginebra, conocedor del destino que le puede esperar, sigue siendo una gran incógnita. En la fecha, en Ginebra, muere MIGUEL SERVET, condenado a la hoguera por los tribunales calvinistas de la ciudad: “Arderé, pero eso será un mero incidente. Continuaremos nuestra discusión en la eternidad”, dijo antes de morir.

PABLO IV utiliza eficazmente la institución de la Inquisición para reprimir las infiltraciones de luteranos y reformistas en los reinos de Italia. En su celo, llega a investigar incluso a miembros señalados del Colegio Cardenalicio: el cardenal Giovanni Morone, el cardenal inglés Reginald Pole. Los judíos sufren también el severísimo talente de gobierno de PABLO IV, que los hace objeto de su bula Cum nimis absurdum publicada el 18 de julio de 1555 y que supone la creación del gueto en Roma, el despojo de sus propiedades y su reducción a la condición de esclavos, obligándolos a llevar una señal distintiva, sombreros amarillos para los hombres y velos o mantones para las mujeres, trato que, según él, merecían por su intervención en la muerte de Jesucristo.

EL Papa PABLO IV, al acceder al solio pontificio, el ya dilatado concilio de Trento se encuentra paralizado, pero el recién elegido papa no hace nada por reactivarlo, en su caso no por falta material de tiempo, como le ha ocurrido a su antecesor Marcelo II que sólo ha gobernado la Iglesia durante 22 días, sino porque su talante teocrático le hace considerarse por encima de los emperadores, reyes, prelados y demás dignidades de este mundo. Él es el papa y nadie ni nada está sobre él, y como tal se basta y sobra para reglamentar la función de la iglesia y la vida de los creyentes. En otras palabras. El papa Caraffa no necesita ningún concilio, la verdad y el dogma los dicta él, y para evitar cualquier tentación desviacionista posee además un eficaz instrumento: su reformada Inquisición o Santo Oficio.

Aunque la Inquisición funciona desde hace siglos, es el papa PABLO IV quien la introduce en Roma y se muestra implacable con los enemigos de la Iglesia. Además, como napolitano odia a los españoles, que tienen sometida su tierra desde hacía varios siglos. Entre los adjetivos que les dedica, se encuentran los de sucios, bárbaros y herejes, hez de la tierra […] y es gran desgracia que los italianos se vean sujetos a servir a esta canalla… PABLO IV hace un esfuerzo personal durante su reinado para reformar rápidamente la Iglesia mediante bulas y decretos. A la Comisión de reforma constituida por doscientos miembros presididos por él, le sucede la Inquisición a cuyo tribunal son sometidas casi todas las cuestiones relativas a la reforma y del que pocos cardenales y obispos se libran. Califica de herejía el pecado de simonía. Ni siquiera hombres tan íntegros y dignos de confianza como los Cardenales Morone y Pole quedan libres de sospechas, y el primero de ellos llega a ser encarcelado como presunto hereje en el castillo de Sant’Angelo.

Aunque se sabe que hubo actividad inquisitorial en México casi desde la llegada de los conquistadores, no es sino hasta 1571 cuando se establece el Tribunal del Santo Oficio de manera formal. El obispo, fray Juan de Zumárraga es considerado el primer inquisidor de la Nueva España, pues obtuvo ese nombramiento en 1535, mas como no existía propiamente el Tribunal, su cargo fue sólo nominal. Hacia 1540 ejercería el poder inquisitorial contra un indio al que condenó a la hoguera. Su severidad le acarreó al obispo una severa reprimenda y a los indígenas los exoneró de ser juzgados por la inquisición ya que se les considero nuevos en el cristianismo. Sin embargo, entre el resto de la población novohispana, hubo muchos casos de persecución.