A Teobaldo I le sucede en el trono de Navarra, su hijo TEOBALDO II (1253-1270) y conde de Champaña. Es menor de edad y sujeto, por tanto, a una tutoría de su madre, MARGARITA de Borbón, tercera esposa de su padre Teobaldo I.

Los estamentos de Navarra, reunidos en Cortes, a los que asisten por primera vez los burgueses, imponen a TEOBALDO II, en la fecha, un doble juramento, por el que se compromete a acatar los fueros y a no alterar la moneda durante doce años. Además las Cortes nombran un Amo, que realizará las funciones del rey hasta su mayoría de edad, aunque la reina madre siga teniendo la tutoría de su hijo.

La situación en Navarra después de la muerte de su rey Teobaldo I, induce a ALFONSO X de Castilla a alegar supuestos derechos al trono navarro. Ante esta situación, y debiendo ausentarse TEOBALDO II de Navarra -todavía menor de edad- para tomar posesión del condado de Champagne, su madre MARGARITA de Borbón, pide a JAIME I de Aragón que defienda a su hijo. JAIME I , valiente pero poco hábil en la diplomacia, reincide en un nuevo tratado similar al que había firmado años antes con Sancho VII. En efecto, se firma en Tudela, entre MARGARITA de Borbón y el infante ALFONSO, primogénito de JAIME I, un tratado para ayuda ofensiva y defensiva, visto que seguían vigentes las pretensiones expansionistas castellanas, protagonizadas ahora por ALFONSO X el Sabio, hijo y sucesor de Fernando III.

Durante su estancia en Francia, TEOBALDO II, rey de Navarra, ha contraido matrimonio con ISABEL de Francia, hija de LUIS IX, de la que no tendrá descendencia. Luego, a finales de 1255, regresa a Navarra. Su viaje tiene por objeto llegar a una reconciliación con el obispo de Pamplona, con quien establece un acuerdo por el que las rentas de aquella ciudad se dividirán entre el obispo y el rey.

En Navarra, ALFONSO X propicia algunos golpes de mano, preocupado, sobre todo, por la influencia francesa en aquel reino. Cuando ALFONSO X se dispone a intervenir en Navarra, por la minoría de edad de TEOBALDO II, una serie de revueltas en Andalucía y Vizcaya le obligan a zanjar el nuevo problema. Resueltos estos conflictos y ante la oposición de JAIME I a sus planes sobre Navarra, ALFONSO X cambia su táctica y pacta con TEOBALDO II de Navarra. El 1 de enero de 1256, ambos reyes se reúnen en Vitoria y el de Castilla entrega el señorío de San Sebastián y Fuenterrabía al navarro con carácter vitalicio. En contrapartida recibe el homenaje de vasallo del rey TEOBALDO II. Éste constituye el primer acto de vasallaje de un rey navarro a un rey castellano.

Solucionados los problemas que había planteado ALFONSO X, TEOBALDO II regresa a sus dominios en Francia y ya no volverá más a Navarra. El gobierno del reino queda en manos de los lugartenientes. Godofredo de Bourlemont y Clemente de Launay ocuparán sucesivamente el cargo.

Cuando TEOBALDO II regresa de la Cruzada contra Túnez, igual que su esposa y su suegro, resulta afectado por la peste y muere, en la fecha, en Trapani. Durante su reinado, TEOBALDO II ha conseguido del papa que los reyes navarros sean coronados por el obispo de Pamplona, u otro si éste no quiere hacerlo, con lo que resta gran poder a los estamentos y a su capacidad para “alzar al rey”. Asimismo, siguiendo el modelo francés, ha dividido el reino de Navarra en cuatro merindades: Pamplona, Estella, Sangüesa y la Rivera, y una castellanía: San Juan. Aunque nunca ha querido enemistarse con Castilla, su inclinación hacia Francia, le ha hecho firmar el tratado de París introduciéndolo en su campo de influencia.