La situación en la factoria comercial portuguesa de Calicut (India) es grave. El rey MANUEL de Portugal decide enviar una flota para restablecer el orden. Así, el 12 de febrero de 1502, Vasco de Gama navega otra vez con una flota de veinte buques de guerra, para imponer el orden por la fuerza en la recien creada factoria portuguesa en la India. Durante el viaje, los barcos de Gama interceptan un velero árabe, conocido como “dhow”, que lleva de vuelta a casa musulmanes que vienen de una peregrinación a la Meca. Demostrando una nueva y militante actitud hacia los orientales, el comandante se enfrenta a los árabes y les exige la entrega de todos los tesoros que llevan a bordo. Como éstos no se mueven lo suficientemente rápido, ordena a sus hombres tomar el “dhow” al abordaje. Los portugueses se apoderan de todo el dinero y los bienes de los árabes, y luego emplean pólvora para incendiar el “dhow” con toda la gente a bordo. Uno de los hombres de la tripulación de Gama cuenta: “380 hombres y muchas mujeres y niños”. Se apodera de Quiloa (Kilwa) y Sofala, en Mozambique y logra eliminar a los rivales árabes del Índico, instaurando la hegemonía marítima portuguesa en la zona.

Al llegar a Calicut (India), Vasco de Gama no se molesta con regalos para el gobernante musulmán ni presenta súplica alguna. Por el contrario, exige su rendición y que los musulmanes, a quienes culpa de la muerte de los portugueses que Cabral había dejado, sean expulsados a puntapiés de la ciudad. El gobernante musulmán trata de ganar tiempo y de negociar la paz. La respuesta del comandante de los portugueses a las proposiciones de paz es un bote repleto de restos humanos: manos, pies y cabezas de pescadores y mercaderes indios. Los europeos escogen al azar a sus víctimas de los pequeños botes que pasan por el puerto, ponen nudos corredizos alrededor del cuello de los hombres y los cuelgan, sólo como espectáculo, antes de descuartizarlos. Gama envía al gobernante musulmán la espeluznante carga con un mensaje en árabe, en el que sugiere que se prepare una cena con tales bocados. La horripilante táctica funcionará.

En septiembre de 1503, Vasco de Gama regresa de su segundo viaje a la India. Viene cargado de una buena cantidad de pimienta a título personal, un cargamento con el que reunirá una envidiable fortuna y acrecentará su fama y condición de hombre fuerte en la corte. Más de veinte años permaneció Gama en Portugal antes de volver a embarcarse hacia la India. En estos años se casará con Catarina de Ataide con la que tendrá seis hijos y una hija. Prosperará económicamente y en su condición nobiliaria. En 1519, Vasco da Gama recibirá el título de conde de Vidigueira.

En 1524, VASCO de GAMA es investido como virrey de la India, volviendo a prestar sus servicios como navegante esta vez bajo mandato del Rey JUAN III. Realiza, pues, un tercer viaje a dichas comarcas con el objeto de frenar la corrupción de las autoridades lusitanas. No obstante, el destino lo enfrenta a la muerte, la malaria acaba con su vida en la población de Cochín, el 24 de diciembre de 1524, apenas ocho semanas después de su desembarco en la India. Quince años más tarde sus restos serán trasladados a Vidigueira, donde se encuentran hasta el día de hoy.