Ese mismo año se hace público que gran parte de la evidencia en contra de Dreyfus ha sido falsificada por el Coronel Hubert Joseph Henry. Luego del suicidio de éste último, en la fecha, y la fuga de Esterhazy a Inglaterra, la condena a Dreyfus se hace insostenible.

La familia y amigos de Dreyfus, convencidos de su inocencia, obligan a reabrir el caso y, a finales de la última década del siglo XIX, la apasionada disputa que desencadena el proceso divide el país. Los partidarios de Dreyfus, principalmente republicanos y otros grupos de izquierda, sostienen que se ha cometido una injusticia y que el individuo debe tener prioridad sobre otras consideraciones. Los monárquicos, ultranacionalistas y defensores de la Iglesia católica piensan que quienes apoyan la inocencia de Dreyfus pretenden desacreditar al Ejército y socavar la seguridad nacional. Los diputados republicanos, unidos en 1899 para formar un bloque republicano de izquierdas, intentan reducir la tensión del caso con el perdón de Dreyfus y con las dimisiones y las reasignaciones de los oficiales militares comprometidos.

En 1899, Zola vuelve a Paris con motivo de la liberación de Dreyfus.

La polémica sobre el caso Dreyfus amenaza con acabar con el consenso básico de la República, provocando una división de una violencia hasta entonces insólita entre los partidarios de la reivindicación y los de la condena de Dreyfus, conflicto que concernía a valores elementales como la justicia y el honor nacional. El antisemitismo alcanza una efervescencia inaceptable para muchos. La revisión de la causa se hace inevitable. En 1899, Dreyfus regresa del exilio. El caso se reabre pero la soberbia de la corte militar le impide aceptar la realidad, y el 9 de septiembre vuelve a encontrar a Dreyfus culpable, sentenciándolo esta vez a diez años de prisión.

En el caso Dreyfus, sin embargo, la situación política francesa ha cambiado, y el Presidente Émile Loubet se verá obligado a otorgarle el perdón.

En Francia, los diputados republicanos reanudan su ataque a la Iglesia. La Ley de Asociaciones de ese año supone la clausura de 1.500 centros religiosos y 3.000 escuelas católicas.

En 1902 la muerte encuentra finalmente a Emile Zola en su patria, en sus exequias resuena el reconocimiento de Francia por su actuación en el caso Dreyfus.

El 9 de Diciembre de 1905 se vota la ley de Separación de las Iglesias y el Estado que pone fin a más de un siglo de concordato, llegando así al final de la obra de secularización iniciada por la Revolución Francesa. Proclamando como principio institucional que “La República asegura la libertad de conciencia”, la laicidad prohibe toda financiación directa o indirecta de las religiones en el artículo 2 de la ley: “La República no reconoce, no subvenciona, ni financia ningún culto”. Queda anulado el concordato suscrito por Napoleón con la Iglesia un siglo antes.

El 12 de julio de 1906, el proceso a Dreyfus es anulado reintegrándolo al ejército con restitución del grado y honores militares.

Atentado en París contra Dreyfus.