Para tratar, en parte, sobre los temas propuestos por MIGUEL VIII el Paleólogo en 1263 a la Santa Sede, GREGORIO X ha convocado para la fecha, el II Concilio Ecuménico de Lyon (XIV Concilio Ecuménico). En este Concilio intervendrá S.BUENAVENTURA aunque morirá antes de su conclusión. En este Concilio, en el que participan más de quinientos obispos, 70 abades y unos mil clérigos, se decide la creación de un cónclave o colegio cardenalicio permanente para la elección de los papas, dándose como norma el sistema del Cónclave, ya empleado en la elección de Celestino IV. También se decide la realización de una nueva cruzada, para financiar la cual el Papa consigue de los principales monarcas europeos la concesión por seis años de los llamados “diezmos de Cruzada”.

El logro más espectacular -aunque desgraciadamente efímero- del II Concilio Ecuménico de Lyon es el retorno de la Iglesia Bizantina a la de Roma. MIGUEL VIII el Paleólogo, monarca bizantino, ante el doble peligro que para su reino representan los turcos y los cristianos latinos, considera imprescindible volver a la fidelidad romana, como el más seguro medio para conjurar ambos peligros. La unidad se sella en el Concilio entre el Papa y los embajadores de MIGUEL VIII Paleólogo, y todos juntos entonan el Te Deum, repitiendo por tres veces el “filioque”. Desgraciadamente para la Iglesia, el clero bizantino y gran parte del pueblo no aceptarán el acuerdo y el cisma continúará a lo largo de los siglos.

A pesar de su fracaso, JAIME I no olvida la cruzada a Tierra Santa. Por este motivo acepta participar en el II Concilio Ecuménico de Lyon. JAIME I, único que asiste personalmente, toma asiento junto al trono pontificio. La cruzada que tenía que ser uno de los temas principales de la reunión, es recibida con indiferencia por la mayoría de los asistentes. Así, pues, JAIME I ante las pocas posibilidades de que se organice un ejército para ir a Tierra Santa y dado que el papa tampoco se encuentra dispuesto a coronarlo, como parece que es su deseo, debido a la atrasada deuda que Aragón tiene como vasallo de la Santa Sede, JAIME I toma la decisión de abandonar una reunión que le comporta muchos gastos y ningún beneficio.