En el sínodo de Rávena de 967, OTÓN I confirma la restauración a los estados pontificios de considerables territorios incluyendo el exarcado.

La Italia meridional nunca ha formado parte de los Estados Pontificios, pero sí ha estado sujeta a vasallaje de éstos durante el periodo de dominación normanda (1017 – 1139). En 1059, mediante el concordato de Melfi, dimanado del concilio celebrado en esta ciudad, el papa NICOLÁS II otorga a los normandos Ricardo de Aversa la investidura del principado de Capua, y a ROBERTO Guiscardo, el Zorro, la del ducado de Apulia y de Calabria, así como, para un futuro, del señorío de Sicilia. Como contrapartida a la unción papal con que se ven dignificados, se comprometen éstos a prestar vasallaje al sumo pontífice en todo momento.

Obligado a solicitar un armisticio, FEDERICO firma con el papa la “Paz de Venecia” -tregua de seis años- por el que FEDERICO debe postrarse a los pies del Papa ALEJANDRO III, hacer las paces. reconocer a éste como el único papa legítimo -desautorizando al antipapa CALIXTO III-, renunciar a los derechos que se ha atribuido en el “Código de Roncaglia” y devolver a la Iglesia todas las ciudades y bienes que le ha arrebatado. Como resultado, al emperador le será levantada la excomunión.

La Paz de Constanza firmada entre el emperador FEDERICO I Barrarroja y el papa LUCIO III, reconoce la autonomía de las ciudades lombardas y el poder temporal del Papa, al tiempo que el emperador renuncia a la soberanía sobre los Estados Pontificios. Por la otra parte, las ciudades italianas reconocen la soberanía del emperador de Alemania. La paz de Venecia -1177- y luego la paz de Constanza -1183- sancionan los derechos y, al mismo tiempo, volverán a poner en vigor el Concordato de Worms señalando el fin del cisma.

INOCENCIO III dio un impulso decisivo a la consolidación y engrandecimiento de los Estados Pontificios. Sometió definitivamente al estamento municipal romano y privó de poderes al senado de la urbe. Recuperó el pleno dominio de aquellos territorios pertenecientes al patrimonio de San Pedro que el emperador había entregado a mandatarios germánicos, expulsando a los usurpadores de la Romaña, del marquesado de Ancona, del ducado de Spoleto y de las ciudades de Asís y de Sora. Por la fuerza de las armas precedida de la excomunión eclesiástica se incautó de los territorios en litigio que habían constituido las posesiones de la condesa Matilde de Toscana y que, presumiblemente, habían sido legados como herencia a la Santa Sede, pero que permanecían en posesión de vasallos del emperador. De esta forma obtuvo el reconocimiento por parte de las ciudades de Toscana de su soberanía, y con ello el norte de Italia sacudía el dominio germánico y caía bajo la órbita de la autoridad pontificia. Por añadidura, como consecuencia de la cruzada llevada a cabo contra los albigenses en el Mediodía francés, había logrado de Raimundo VI de Tolosa la cesión de siete castillos en la región de Provenza, patrimonio que se incorporó al de la Iglesia

El éxito de FEDERICO II en Tierra Santa no apacigua al Papa GREGORIO IX que, en su ausencia, invade Dos Sicilias. Pero Rainaldo de Espoleto, vicario imperial, invade el Patrimonio de San Pedro. FEDERICO II, confiando la regencia de Jerusalén a Balian d’Ibelin, Señor de Sidón, regresa a Europa y expulsa a las tropas papales de la Italia inferior derrotando completamente entre uno y otro a las tropas pontificias. Para fortalecer su poder en el Este envía a san Juan de Acre a Ricardo Filagieri, mariscal del Imperio, a quien nombra baile (guardián) del reino. El nuevo regente combatirá la influencia de los ibelinos y tratará de asegurar la posesión de la isla de Chipre, pero el reino será conquistado y tendrá que contentarse con colocar una guarnición imperial en Tiro (1232).

Tras desembarcar en Brindisi, FEDERICO II logra derrotar a las fuerzas pontificias y lombardas en Cortenuova expulsándolas de los territorios imperiales y firmando, en la fecha, la Paz de San Germán por la que a cambio de que el Papa revoque su excomunión -cosa que hizo en el mes de agosto- , el emperador asegura a la Iglesia sus posesiones territoriales. FEDERICO no cumplirá las cláusulas del tratado de paz y la guerra se reanudará.

Los Estados Pontificios vuelven a pasar por un difícil trance durante el imperio de FEDERICO II. Tras la derrota de la liga lombarda en 1239, ésta se disuelve definitivamente. Por otra parte, el Reino de las Dos Sicilias queda incorporado al Imperio. FEDERICO se propone anexionar igualmente el patrimonio de San Pedro para acaparar el dominio de toda Italia. Marcha sobre Roma, de donde se ve obligado a huir el papa GREGORIO IX, se pasea desafiante y sin oposición por toda Italia, nombra gobernador del territorio peninsular a su hijo Enzio y él mismo se erige en señor de los Estados Pontificios.

Elegido INOCENCIO IV, FEDERICO II envía emisarios para acordar la paz. FEDERICO II ha sido proscrito por Gregorio IX y busca a toda costa un acuerdo con la Iglesia, pero sin renunciar a su poder e influencia en las decisiones eclesiásticas. Por su parte, INOCENCIO es un hombre convencido de que el poder de la Iglesia, y en concreto de la figura papal, debe estar por encima de los gobernantes y los reyes. INOCENCIO IV exige de FEDERICO II el reconocimiento del daño que ha causado a la Iglesia. Finalmente llegan ambas partes a un acuerdo el 31 de marzo de 1244. En el mismo se restituye a la iglesia en sus posesiones, especialmente los Estados pontificios, y se libera a los prelados favorables al Papa que mantiene presos el emperador. Aunque había firmado la paz con el emperador, el papa INOCENCIO IV se siente incómodo en Italia por la presencia de la milicia imperial y decide refugiarse en Lyon con el apoyo de los genoveses.

El papa INOCENCIO IV, provoca el alzamiento contra el emperador, FEDERICO II, de muchas ciudades del norte de Italia, obteniendo la victoria las tropas papales el 26 de mayo de 1249.