Ya que CARLOS (V) es reclamado en otras partes de su vasto imperio, hace reconocer, en la fecha, en un acto celebrado en el Monasterio de los Jerónimos de Madrid  a su hijo FELIPE como príncipe de Asturias. A continuación recibe el juramento de fidelidad de Valencia, Aragón y Catalunya.

Carlos V concede la corona de su escudo de armas a la ciudad de Madrid, para culminar las armas de esta ciudad, encima del oso -o la osa- y el madroño que ostentan su escudo. Se llamará desde este momento la “coronada villa”.

Antón Martín funda el hospital que lleva su nombre destinado a enfermos contagiosos, en las afueras de Puerta de Atocha.

Asistido por el obispo CARRANZA y por el hermano VILLALBA, que se alternan en sus cuidados, CARLOS (I) de España y (V) del SIRG cae en una crisis de la que ya no se recupera, falleciendo en las primeras horas del 21 de septiembre de 1558 en Yuste. A pesar de estar apartado del trono imperial, durante sus últimos días CARLOS (V) sigue conservando una agudo interés por los asuntos internacionales. En sus funerales, el orador sagrado compara a CARLOS (V) con el David bíblico y a FELIPE II con su hijo Salomón, así como recuerda la gran batalla de S. Quintín el día de S.Lorenzo. Quizá estas referencias inspiran al joven rey para la construcción de un gran monumento religioso en el que honrar al mártir protector de su ejército: el monasterio de S. Lorenzo el Real, a los pies del Guadarrama.

El 1 de septiembre de 1561 se produce el anunciado traslado de la Corte, que se encontraba en Toledo, primero a Valladolid y después a Madrid. FELIPE II, que había puesto gran empeño en la renovación y ampliación del Alcázar Real de Madrid, se decide de esta manera a fijar su residencia y la de su familia definitivamente en Madrid que cuenta solo con unos 5.000 habitantes.  Madrid, por cierto, no estaba fortificada. El rey piensa que el saludable clima madrileño y los amplios espacios abiertos del río Manzanares resultarán más adecuados para su esposa ISABEL de Valois, de frágil salud, que la abigarrada y comprimida Toledo. Por otra parte, la situación de Madrid en el centro geográfico de la península favorece el intento de establecer un sistema radial. También tuvo en cuenta la singular abundancia de agua y la pervivencia de los diferentes acueductos, legado de la dominación árabe. La elección de Madrid, al margen de los deseos del rey, dará al Imperio un carácter cada vez más castellano, lo que no contribuirá precisamente al buen entendimiento entre castellanos, aragoneses, catalanes, valencianos e italianos.

Madrid no tenía la riqueza económica ni la tradición política de otras ciudades castellanas, como la vecina Toledo, que hasta entonces parecía la candidata más idónea para albergar la Corte de una compleja monarquía absoluta. Desde su conquista por los cristianos la función de Madrid había sido meramente militar: su situación estratégica permitía controlar la sierra de Guadarrama y su eficaz recinto amurallado amparando en su interior al alcázar funcionaba como enclave defensivo. Función militar que, por otra parte, se heredaba del tiempo de los árabes, aunque en sentido inverso. Era una típica ciudad fronteriza, habitada por caballeros de pasado militar donde además, por ser de realengo, apenas ofrecía atractivo para la alta nobleza y el alto clero. Probablemente este fue uno de los motivos que movieron al rey Felipe II a trasladar la Corte a Madrid: se trataba de una ciudad nueva, sin conflictividad social, podía ser modelada a antojo, sin presiones. De todas maneras, la implantación de la capital en Madrid dará lugar a gran número de controversias y disputas entre los historiadores.

Se pone la primera piedra de lo que habrá de ser el grandioso monasterio de S.Lorenzo (El Escorial). La multitud se acerca de Madrid, desde las aldeas, pueblos y burgos vecinos para ver al rey y a sus cortesanos que, vestidos con ropa de gala, asisten junto a los prelados, con gran respeto y magnificencia, a este acto protocolario. Las obras están dirigidas por el arquitecto Juan Bautista de Toledo, a quien pertenece la autoría del primer proyecto del edificio. Esta obra es realizada para perpetuar el recuerdo de la victoria en la Batalla de S.Quintín ganada el día de S. Lorenzo (Tiene la forma de una parrilla en recuerdo del martirio sufrido por S.Lorenzo). Otros rumores más maliciosos hablan de que tuvo mucho que ver el deseo de compensar la destrucción de un monasterio dedicado al santo, ubicado en las proximidades de San Quintín, a causa de las operaciones militares.

En un primer momento, el convento monasterio de las Descalzas Reales fue el palacio de don Alonso Gutierrez, el tesorero del emperador Carlos. Poco antes de que Madrid pasase a ser la capital de España, la hermana de Felipe II, doña Juana lo convirtió en convento y residencia de mujeres de la Casa Real; de la restauración y reforma se encargaron Juan Bautista de Toledo y Antonio Sillero, y las obras se concluyeron en 1564. Este convento será testigo de importantes acontecimientos históricos y depositario de una de las colecciones de arte más notable del país.

La imprenta que el dúo Alonso Gómez y Pierre Cossin abrieron en 1566 fue un hecho histórico. El traslado de la corte a Madrid por Felipe II en 1561 le dio nivel a la ciudad, y provocó una repentina necesidad de producción de impresos oficiales. Por ello se juntaron el librero Alonso Gómez y el impresor francés Pierre Cossin. Las matrices que usaron al principio fueron compradas al fundidor y distribuidor de tipos Benito Dolcet, francés asentado en Barcelona, y como curiosidad se puede decir que no se pagaron en plazo, tuvo que mandar Dolcet a su criado a Madrid a cobrar las matrices.

La realidad es que no duró mucho este dúo, ya que en 1568 se montaron por separado. Alonso Gomez siguiótrabajando y recibió de Felipe II el título deImpresor del rey. Cossin, por su parte, tenía en su imprenta unos tipos en cuerpos cícero y texto de Ammet Tavernier (grabador de punzones alemán) que usó para imprimir la primera y segunda parte de La Araucana de Alonso de Ercilla y Zúñiga en 1568.

Diez años más tarde, en la relación remitida por D. Antonio de Lugo, corregidor de Madrid, en febrero de 1571, se puede calcular que Madrid sin incluir los pueblos de su jurisdicción -Getafe y Fuenlabrada- tenía unas catorce mil almas.