Aparece la secta de los Flagelantes cuya cabeza es un monje dominico italiano -RAINIERI- secta condenada muy pronto por la Iglesia.

Rebrota la secta de los Flagelantes que había aparecido en 1260 y que estaba en extinción. CLEMENTE VI, ordena a los obispos que persigan y encarcelen a los jefes de la secta.

La epidemia de peste produce además en Europa un rebrote de los flagelantes, grupos de laicos que peregrinan de ciudad en ciudad azotándose. CLEMENTE VI los acusa de fanáticos y mediante la publicación, en 1349, de una bula, los condena como herejes.

Bonifacio IX quiso que se celebrara también el Jubileo del año 1400 para respetar la periodicidad de cincuenta años establecida en el año 1350. La Iglesia estaba aún dividida ese año, entre Roma y Aviñón, donde reinaba un antipapa. Los cristianos franceses, españoles y una parte de los italianos no tomaron parte en la peregrinación jubilar porque sus reyes, adhiriéndose a la parte cismática de la Iglesia, no permitieron a sus súbditos que participaran en el Jubileo. Bonifacio IX extendió la visita para obtener las indulgencias, a las basílicas de San Lorenzo extramuros, Sta. María en Trastévere y Sta. María Rotonda, que así se añadieron a las cuatro basílicas mayores ya escogidas en los años precedentes. En el Jubileo del año 1400 se dio inicio a un nuevo tipo de peregrinación penitencial que, partiendo de diversas regiones de Italia septentrional, se dirigían a Roma bajo el lema “paz y misericordia”. Hacen su aparición en Roma los “Bianchi” o “Albati”, grupos de penitentes flagelantes que procesionaban encapuchados, con hábitos blancos y con una cruz roja dibujada en la espalda; fueron la causa de tal número de disturbios y sucesos sangrientos que BONIFACIO condena a la hoguera a su líder y disuelve a sus adeptos.

John HUSS, que predica más o menos lo mismo que John WYCLEFF por Bohemia, también es condenado en el Concilio de Constanza, pero se niega a retractarse y, entregado al brazo secular, será quemado en la hoguera. La herejía no termina con eso y aunque en el concilio de Constanza, se decreta que todos aquellos que tomen a su cargo la defensa de los husitas o consideren a John HUSS como santo, serán tratados como se trata a los herejes relapsos y quemados vivos, para mucha gente, John HUSS empieza a ser un mártir, y los hussitas se convierten en una peligrosa secta. WENCESLAO IV, rey de Bohemia, aunque inicialmente apoyó a John HUSS y a sus seguidores, tras la condena de la Iglesia de sus doctrinas, el rey no hace nada para impedir su ejecución como hereje el 6 de julio de 1415. (A HUSS se le ha dedicado un conjunto escultórico en la Plaza de la Ciudad Vieja (Starom?stské nám?stí) de Praga. Juan Pablo II señaló: «Siento el deber de expresar mi profunda pena por la cruel muerte infligida a Jan Hus y por la consiguiente herida, fuente de conflictos y divisiones, que se abrió de ese modo en la mente y en el corazón del pueblo»).

El siglo XVI constituyó sin duda el de máximo apogeo del Santo Oficio, siendo lógicamente en esta centuria cuando en España se condena a la última pena a un mayor número de víctimas. Las primeras desviaciones de la corriente ortodoxa aparecen con los \”alumbrados\” o \”iluministas\”, aumentando la inquietud inquisitorial a partir del descubrimiento de focos protestantes en 1558, en Valladolid y Sevilla, a comienzos del gobierno de FELIPE II (1556-1598). Un estudio exhaustivo del período 1550-1700 (admitiendo cierto margen de error) arroja una cifra total de 49.092 procesados por la Inquisición en España, distribuidos por todos los tribunales que la institución posee en la península, dominios europeos y América.

En 1648 vuelven a renacer en la Península con inusitada fuerza las compañías de flagelantes, debido a la grave crisis económico-social: plagas de langosta, sequias generalizadas, hambre en todas partes y epidemias de peste que asolan el país, especialmente en la parte oriental y meridional de la Península. Este hecho queda de manifiesto en el resurgir de los \”picaos\” de la cofradía de la Vera Cruz, del pueblo riojano de San Vicente de la Sonsierra, o en la cofradía de San Antonio, fundada en este año. La actitud de los flagelantes pretende ser una forma de intercesión ante Dios, para poner fin a las calamidades que inundan la Península.

CLEMENTE XIII condena, en la fecha, como cismático el febronianismo. El febronianismo es una doctrina y un poderoso movimiento cristiano establecido por el canónigo alemán de la ciudad de Tréveris (Trier) Johann Nikolaus von Hontheim (quien usa el pseudónimo Julius Febronius) en el siglo XVIII, que pretende disminuir la autoridad y los derechos del Papa y aumentar los de los obispos, con el argumento de que la institución que había hecho Jesucristo de la Iglesia no era monárquica. Febronio persigue así la reunificación del catolicismo romano con el resto de las ramas del cristianismo y una nacionalización de las iglesias (por lo que su escuela puede ser considerada un equivalente del galicanismo francés).

El aparente conservadurismo que PABLO VI manifiesta en sus escritos no impide la aparición de enfrentamientos, en la fecha, con un grupo de católicos tradicionalistas franceses encabezados por Monseñor Lefebvre, defensores de la misa en latín y de las doctrinas tradicionales de la Iglesia defendidas por ésta antes del Concilio Vaticano II.