El emperador JUSTINIANO intenta solventar el problema de la sede papal vacante y logra que la ocupe un personaje sumiso a sus deseos. Cree encontrar tal persona en un diácono llamado VIGILIO que ha estado ocupando el puesto de nuncio papal en Constantinopla y que ha pactado con la emperatriz TEODORA -que es monofisita- que recibirá su apoyo para la elección papal a cambio de rechazar el Concilio de Calcedonia del año 451, en el que se remachaba nuevamente el dogma de la Trinidad y de restaurar en Constantinopla al patriarca ANTIMO, depuesto por el Papa Agapito I. Así, BELISARIO, nombra sucesor en la sede pontificia a VIGILIO (29.3.537 – 7.6.555). Los roces sin embargo no van a tardar en producirse..

VIGILIO, llega a un acuerdo con BELISARIO y éste deporta a SILVERIO a la isla de Palmaria en el golfo de Gaeta. Allí se consigue que, en la fecha, el papa SILVERIO renuncie al pontificado. La Iglesia, ante la dimisión de SILVERIO, reconoce a VIGILIO como pontífice para evitar un cisma y, probablemente, una persecución. Pese a lo irregular de su elección, VIGILIO muy pronto se revela como un hombre dispuesto a servir sólo a Dios y al cristianismo. Así, pues, el plan de las dos damas bizantinas TEODORA y ANTONINA fracasa. Ya que el nuevo papa, VIGILIO, resulta ser tan obstinado como su predecesor y no hace absolutamente nada a favor de los monofisitas.

JUSTINIANO I ruega al Papa VIGILIO que acepte la condenación de los tres nestorianos. Ante las razones aducidas por el emperador en beneficio de Oriente, accede el pontífice y, en Constantinopla, publica, en la fecha, su célebre “Iudicatum”. Al conocerse esta determinación en Occidente, ocasiona enorme disgusto por interpretarlo como una coacción del emperador, en desdoro de Calcedonia.

JUSTINIANO I cree conveniente prohibir los escritos de tres nestorianos con el fin de facilitar el acercamiento de los monofisitas a la ortodoxia. Los tres puntos que señalan en el decreto correspondiente, las obras o autores condenados recibirán la denominación de los “Tres capítulos” según los cuales son merecedores de la excomunión: Teodoro de Mopsuestia, Teodoro de Ciro y el obispo Ibas. Los tres autores han muerto, pero los dos últimos se retractaron en el Concilio de Calcedonia (451), donde fueron rehabilitados solemnemente. Esto hace que la prohibición sea mal recibida en Occidente, por interpretarla como un olvido de Calcedonia y produzca verdadera indignación al romano Pontífice. En cambio en Oriente tiene muy buena acogida.

La reacción de las iglesias occidentales es condenar al Papa al considerar que ha incurrido en herejía. En la fecha, un concilio de obispos africanos procede a su excomunión formal por hereje. Una opinión parecida tienen los obispos de las Galias, África del Norte, Dalmacia, Escitia e Iliria, entre otros.

Amedrentado por la reacción que su “Iudicatum” ha provocado, el Papa VIGILIO procede a anularlo -un acto que es indispensable pero que no deja muy bien parado el prestigio de la sede romana- y a apelar a un concilio ecuménico que zanje definitivamente las cuestiones en litigio. La reacción del emperador JUSTINIANO I es enérgica y con enconados esfuerzos convoca un segundo Concilio ecuménico en Constantinopla.

Entre el 5 de mayo y el 2 de junio, bajo la presidencia del patriarca de Constantinopla, EUTIQUIO, se celebra el II Concilio de Constantinopla (V Concilio ecuménico) integrado por ciento cincuenta y un obispos (En esencia todos los obispos orientales y solamente seis occidentales de la diócesis del África). El Papa VIGILIO que en un principio ha prometido su asistencia, se niega a presidirlo aun encontrándose en la misma ciudad imperial, aduciendo el escaso número de obispos occidentales que han acudido. La primera acción del Concilio consiste en designar una embajada que ruegue al Papa se digne aceptar la presidencia del concilio, gestión que resultará infructuosa ante la determinación del anciano pontífice. El emperador JUSTINIANO I ordena que prosiga el Concilio aunque no cuente con la aprobación pontificia. Se vuelven a tratar dogmas cristológicos.

El Papa VIGILIO publica el 14 de mayo, su primer Constitutum, en el que condena sesenta proposiciones de Teodoro de Mopsuestia y prohíbe que se condene a Teodoro de Ciro e Ibas. Este documento que es leído en el Concilio II de Constantinopla en su sesión celebrada el 26 de mayo produce la indignación del emperador JUSTINIANO I que ordena la supresión del nombre del papa VIGILIO de las tablas oficiales, si bien se conserva la unión con Roma.

Finalmente, el Concilio II de Constantinpla, en su sesión octava, proclama catorce anatematismos contra las principales herejías, desde Arrio a Eutiques y los tres últimos se dedican a los “Tres Capítulos”. Con ello termina sus tareas el Concilio segundo de Constantinopla, sin la menor aprobación pontificia. Finalmente, el papa VIGILIO reconocerá el concilio como ecuménico con la esperanza de evitar un cisma con las iglesias orientales.

JUSTINIANO I obliga al papa VIGILIO -prácticamente como su prisionero- a viajar a Constantinopla. Allí intenta obligarlo a dejar sin efecto las conclusiones del concilio de Calcedonia de 451, a lo que responde el pontífice con un fallido intento de huida que empeora más la situación. JUSTINIANO I destierra y somete al Papa aunque por breve espacio de tiempo a trabajos forzados, así como a cuantos no admiten la condenación de los “Tres Capítulos”. Convencido el Papa VIGILIO de que la condenación es justa, publica, en la fecha, un segundo “Constitutum” en el que ratifica la censura contra la persona y escritos de Teodoro de Mopsuestia y condena los discutidos escritos de Teodoro de Ciro y de Ibas, pero no sus personas. Con esto, queda confirmado, en lo sustancial, el Concilio II de Constantinopla y se permite al Papa su regreso a Roma. Desde este momento se considera el accidentado concilio como ecuménico y, posteriormente, los sucesivos papas se esforzarán en que sea así considerado en Occidente.