FEDERICO II para mostrar al mundo entero que el Papa GREGORIO IX se ha equivocado con él, emprende, en la fecha, la sexta Cruzada, excomulgado y todo… y aunque la cruzada ha de favorecer los intereses del papado, su encarnizado rival, pero en modo alguno los suyos. Pero la excomunión es un arma terrible en manos de los papas. GREGORIO IX no responde con la absolución de FEDERICO, sino que declara que las acciones del emperador en Tierra Santa no pueden calificarse como guerra santa al continuar excomulgado, y procede a liberar a los cruzados del voto de obediencia al emperador, quien se ve obligado a regresar al conocer que el Papa, junto a la Liga Lombarda, está invadiendo su reino de Sicilia.

ENRIQUE entra en disputa con su tutor el duque Luis I de Baviera, sospechoso de conspirar contra su padre, el emperador FEDERICO II, y al final de ese año Enrique asume el gobierno por sí mismo. Las relaciones con su padre son cada día más difíciles y complicadas.

El éxito de FEDERICO II en Tierra Santa no apacigua al Papa GREGORIO IX que, en su ausencia, invade Dos Sicilias. Pero Rainaldo de Espoleto, vicario imperial, invade el Patrimonio de San Pedro. FEDERICO II, confiando la regencia de Jerusalén a Balian d’Ibelin, Señor de Sidón, regresa a Europa y expulsa a las tropas papales de la Italia inferior derrotando completamente entre uno y otro a las tropas pontificias. Para fortalecer su poder en el Este envía a san Juan de Acre a Ricardo Filagieri, mariscal del Imperio, a quien nombra baile (guardián) del reino. El nuevo regente combatirá la influencia de los ibelinos y tratará de asegurar la posesión de la isla de Chipre, pero el reino será conquistado y tendrá que contentarse con colocar una guarnición imperial en Tiro (1232).

El emperador alemán, FEDERICO II, ordena que a cualquiera que sea condenado por herejía en Lombardía y Sicilia se le queme vivo, la antigua pena por alta traición. En realídad, los herejes destruyen el orden público, y donde ellos gobiernan, no permiten ninguna libertad a la Iglesia ni a quienes piensan diversamente de ellos. Esto explica por qué emperadores como Federico I Barbarroja o su nieto FEDERICO II, encarnizados enemigos del Papa, llegan a establecer penas severísimas contra los herejes. Es importante, por otra parte, destacar que el procedimiento establecido por la Inquisición pontificia o medieval, está perfectamente de acuerdo con la mentalidad de los tiempos, y se basa en dos convicciones universalmente aceptadas; una: la fe católica es considerada como el bien supremo, que a toda costa debe defenderse y salvarse; y dos: los herejes son considerados enemigos del Estado.

ENRIQUE contrario a la política de su padre el emperador es abandonado por sus partidarios, y es convocado a Wimpfen, donde, luego de haber sido sometido a un proceso-farsa, es depuesto del trono de Alemania y, el 4 de julio, condenado a muerte. FEDERICO II hizo conmutar la pena de muerte por cadena perpetua. Será encarcelado, primero en Alemania y después en Italia. (De todas maneras, este aislamiento puede haber sido provocado tanto por su salud como por su rebelión, ya que el análisis de su esqueleto en 1998 – 1999 mostrará que sufre lepra en avanzado estado.)

Los Estados Pontificios vuelven a pasar por un difícil trance durante el imperio de FEDERICO II. Tras la derrota de la liga lombarda en 1239, ésta se disuelve definitivamente. Por otra parte, el Reino de las Dos Sicilias queda incorporado al Imperio. FEDERICO se propone anexionar igualmente el patrimonio de San Pedro para acaparar el dominio de toda Italia. Marcha sobre Roma, de donde se ve obligado a huir el papa GREGORIO IX, se pasea desafiante y sin oposición por toda Italia, nombra gobernador del territorio peninsular a su hijo Enzio y él mismo se erige en señor de los Estados Pontificios.

Muerto Federico en 1250, lo sucede su hijo más joven CONRADO IV (1250-1254). Añadirá a su título de rey de Sicilia el título imperial con la oposición del Papa INOCENCIO IV -que no concederá la coronación- que queda atrapado entre los dominios de un solo monarca. Su reinado se caracterizará por las convulsiones que sacudirán Alemania, donde parte de la nobleza se niega a reconocer la autoridad de los Hohenstaufen y, apoyada por el Papa ha escogido, en vida aún de Federico, a GUILLERMO de Holanda como emperador.

Muerto Federico II, el papa INOCENCIO IV continúa su lucha contra CONRADO IV, hijo y sucesor de Federico II.

CONRADO IV tiene que acudir a Italia para mantener su poder sobre el reino de Sicilia.

Fallece CONRADO IV. CONRADO V de Hohenstaufen o CONRADINO, último representante legítimo de la dinastía de los Hohenstaufen, nacido en 25/3/1252, hereda de su padre Conrado IV, los derechos a los reinos de Nápoles y Sicilia (1254-1258) y soberano titular de Jerusalén.