Por influencia de la independencia mexicana, la Junta de Guatemala proclama en Junta Extraordinaria la separación del país de la metrópoli española. En efecto, el gobernador Gainza accede a que se convoque una Asamblea Popular, que, en la fecha, proclama la independencia de Guatemala. La Junta establecida por Gainza decreta la anexión a México, contra la que se levantan algunas partidas de republicanos que son vencidos por Filisola, militar de Iturbide.  Se añaden a la declaración las autoridades de Honduras. El terreno abarcado por la declaración comprende, además, los territorios ístmicos de Costa Rica, El Salvador y Nicaragua.

Las cinco provincias restantes del Virreinato de Nueva España —Provincia de Ciudad Real de Chiapas, Provincia de Guatemala, Provincia de San Salvador, Provincia de Comayagua y Provincia de Nicaragua y Costa Rica—, se erigen en las Provincias Unidas de Centroamérica, tras la caída de Agustín I como emperador de México. Este estado existirá hasta el 22 de noviembre de 1824. Sin embargo, Chiapas se incorporará a la naciente República Mexicana, mientras que las otras provincias formaron los actuales países de Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica. El medio físico era variado, compuesto por la combinación de climas templados (centro de México), áridos (norte) y fríos (sierras Madre Oriental y Occidental).

América central está primero bajo el dominio de Guatemala, pero en 1840 la parte meridional se separa, y queda repartida entre El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica. Panamá continuará siendo parte de Colombia.

Por el Tratado de Amapala, El Salvador, Honduras y Nicaragua constituyen la República Mayor de Centro América, y una Dieta común. Esta nueva federación se disolverá tres años después.

Guerra entre Honduras y Nicaragua.

En Honduras, el liberal Rafael López Gutiérrez se rebela contra el gobierno conservador en agosto de 1919.

Los marines norteamericanos llegan a Honduras el 11 de septiembre. López Gutiérrez es el presidente, pero cuando emerge una rebelión conservadora dirigida contra él, los Estados Unidos envían más marines, que se alinean con los rebeldes.

El 10 de marzo de 1924, López Gutiérrez, presidente de Honduras, es asesinado. El resto de la década, las fuerzas norteamericanas se aseguran de que los gobernantes hondureños resulten aceptables para los intereses de los negociantes estadounidenses.

Desde el año 1930, se ha ido produciendo una amplia corriente migratoria desde El Salvador hacia Honduras, concretamente hacia aquellas zonas fronterizas que están sin colonizar.

Un golpe militar en Honduras, destituye al presidente Julio Lozano Díaz. Se instaura una Junta Militar hasta 21/12/1957.