FRANCISCO I de Francia envidioso de la situación adquirida por CARLOS I, con el pretexto de ayudar a su pariente ENRIQUE de Albret en sus pretensiones a la corona de Navarra, aprovechando la inestabilidad interna de España, sumida en sublevaciones en el centro y este de su territorio, en mayo de 1521 envía el ejército francés que ataca Navarra. Casi sin encontrar resistencia llega hasta Pamplona, que le abre sus puertas, y Estella, que también capitula. Tudela es asimismo tomada por los franceses. Sin embargo, el ataque se ha demorado demasiado, cuando en abril los comuneros ya han sido aplastados por las tropas reales. Además, en vez de consolidar la victoria, el ejército navarro-gascón quiere entrar en Logroño sitiándolo, lo que hace que el ejército castellano se reorganice con tres cuerpos de ejército. Los españoles se hacen fuertes en Logroño y desde allí inician una contraofensiva rápida. El general francés LESPARRE sufre una derrota total en Quiró, cerca de Pamplona. En pocos días el ejército español rechaza al enemigo pero no puede impedir la toma de Fuenterrabía y ser batidas en el norte, en Valenciennes y en Mézieres.

Tras una irregular ocupación de la Baja Navarra por parte de las tropas del emperador CARLOS V, éste decide abandonar el territorio por su difícil defensa.

En la llamada Baja navarra (Francia), abandonada por el emperador CARLOS V, continúa la dinastía Albret-Foix que entroncará con la de Borbón, quienes llegarán a reinar en Francia y aunque sus dominios en el Bearne serán mayores que los de Navarra, estos territorios navarros les conferirán la dignidad real, y muy celosamente sus sucesores la conservarán separada, aún después de acceder al trono de Francia y llevarán la titulación de reyes de Francia y Navarra.

La inestabilidad de la ocupación en la Baja Navarra hace que CARLOS I renuncie definitivamente a ella, retirándose definitivamente para 1530. En esta parte del reino de Navarra continuará la dinastía Albret-Foix que entroncará con la de Borbón, quienes llegarán a reinar en Francia y aunque sus dominios en el Bearne serán mayores que los de Navarra, estos territorios navarros les conferírán la dignidad real, y muy celosamente sus sucesores la conservarán separada, aún después de acceder al trono de Francia y llevarán la titulación de reyes de Francia y Navarra. ENRIQUE II ocupa el trono de la Baja Navarra (1530-1555). Ante la renuncia de CARLOS I, ENRIQUE II reinará en Baja Navarra bajo la influencia del poderoso Reino de Francia.

Juana de Albret como JUANA III reina de la Baja Navarra (1555-1572) junto a su marido ANTONIO I de Borbón (1555-1562)

Fallece ANTONIO I de Borbón, rey de Navarra, Sigue su esposa JUANA III (Juana de Albret)

Las revueltas religiosas continúan en suelo francés. Las bandas armadas recorren aldeas, burgos y ciudades, sucediéndose los atropellos, saqueos, crímenes y violaciones. En 1570, se firma la Paz de St Germain con la que se pretende alcanzar la reconciliación entre católicos y hugonotes, concediendo a estos el libre ejercicio de su religión y como plazas de seguridad determinadas ciudades, por ejemplo, La Rochela. Por otra parte, el duque ENRIQUE de Navarra, tercer hijo del fallecido ANTONIO de Borbón y JUANA de Albret de Navarra acaudilla el partido hugonote durante las guerras religiosas. Para frenar la iniciativa protestante, se ofrece en matrimonio al líder hugonote (calvinista), la mano de Margarita de Valois -la famosa reina Margot-, hermana del rey CARLOS IX.

Fallece la reina de la Baja Navarra JUANA III (Juana de Albret). ENRIQUE, tercer hijo de ANTONIO de Borbón y JUANA de Albret de Navarra hereda el reino de Navarra (9/6/1572-14/5/1610) como ENRIQUE III.

En el verano de 1572 todo está dispuesto para celebrar en París la boda del protestante ENRIQUE de Navarra con MARGARITA de Valois, hermana del rey CARLOS IX de Francia. Protestantes y católicos de todas partes se juntan allí para presenciar los grandes festejos de rigor. Por otra parte, se concede libertad a hugonotes en diversas ciudades francesas.

En París (Francia), los hugonotes, con GASPAR de Coligny al frente, están alcanzando cotas de poder preocupantes para la monarquía católica. La concentración en París de numerosas figuras de este partido político-religioso con motivo de la boda de ENRIQUE de Navarra, el futuro Enrique IV de Francia, con MARGARITA de Valois da ocasión a la reina madre CATALINA de Médici, que está preocupada por el ascendiente que GASPAR de Coligny está logrando sobre CARLOS IX, el joven rey de Francia, para ordenar el asesinato de los líderes hugonotes.