En abril de 1687, JACOBO II promulga la tercera Declaración de Indulgencía, que suspende todas las leyes penales contra católicos y disidentes y tolera cierta libertad de cultos. Pero muchos ingleses consideran que aquel decreto, en realidad liberal y justo, no es sino otro paso para, a imitación de la Francia de LUIS XIV en su persecución a los hugonotes, iniciarla en Inglaterra contra los anglicanos. Más de un católico, presintiendo las consecuencias de aquellas intermitentes medidas, rehusa aceptar los cargos ofrecidos por el rey e, incluso el papa INOCENCIO XI, le aconseja moderación.

Pero la imprudencia de JACOBO II va en aumento: en mayo de 1688 ordena que la Declaración de Indulgencia sea leída, dos domingos consecutivos, desde los púlpitos, por los clérigos anglicanos. Cuando siete obispos anglicanos se resisten, el rey les encierra en la Torre de Londres y los somete a juicio. Pero al ser juzgados y absueltos por un jurado en junio, Londres se iluminará de júbilo y la oposición a JACOBO Il se envalentonará.

Los parlamentarios, de mutuo acuerdo en esta cuestión las dos agrupaciones partidistas (tory y whig), contando además con el beneplácito de la Iglesia anglicana y de sectores militares, solicitan la ayuda del estatúder de Holanda, GUILLERMO III de Orange, para que intervenga en defensa de la religión protestante y de la libertad del Parlamento. El mandatario holandés acepta y desembarca en Torbay el 5 de noviembre con 16.000 hombres y, sin apenas resistencia, marcha hacia Londres. El grito de rebelión vuelve a sonar en los campos de Irlanda. La revolución de 1688 da en Escocia la victoria a los presbiterianos, carácter que todavía mantiene actualmente la iglesia de Escocia.

La transformaciones político-institucionales de Inglaterra se completan en el terreno religioso con la aprobación del “Acta de tolerancia” (mayo de 1689), que supone en la práctica, aunque con algunos condicionamientos para los no anglicanos, la libertad religiosa, que se concede a los grupos protestantes, pero de la que son excluidos no obstante los católicos.

Las dos naciones conservarán sus estructuras legales y religiosas, pero tendrán un Parlamento y una bandera únicos. La bandera (La “Union Jack”) combina la cruz de S.Jorge (Inglaterra) y la cruz de S.Andrés (Escocia). Se forman los dos partidos que serán históricos, el liberal (Whig) y el conservador (Tory). Estos términos tienen su origen en las denominaciones que se aplican el uno al otro con propósito injurioso. Los “tories” son aislacionistas y sólo se avienen a participar en guerras navales. Apoyan el poder real y a la iglesia anglicana y están en contra de la tolerancia religiosa. Desde todos los puntos de vista se trata de un partido conservador. Los “whigs” son más liberales y favorecen el Parlamento frente al monarca. Apoyan a Marlborough y la guerra. Los “whigs” inician el proceso político.

A los reformistas religiosos que en 1620 llegaron a Norteamérica, se unen los puritanos huidos también de Inglaterra. Todos juntos establecen la colonia de Plymouth (Massachussets) en 1720, adoptando los principios del congregacionalismo. Esta forma protestante de organización eclesiástica, está basada en la doctrina según la cual cada congregación local tiene a Jesucristo como cabeza única. Frente al “anglicanismo” inventado por los Tudor poco pueden hacer los puritanos ingleses y con la restauración de los Estuardo, en 1660, llegó el fin definitivo de sus esperanzas.

Sube al trono de Gran Bretaña e Irlanda el nieto de Jorge II, JORGE III (1760 – 1820) de la dinastía Hannover. JORGE III personificará la vuelta al poder de un rey deseoso de gobernar y de reconquistar para la corona la fuerza y el prestigio que ha perdido con sus dos inmediatos antecesores. Su excesivo autoritarismo provocará, sin embargo, sublevaciones populares y la secesión de sus dominios americanos. Por otra parte, en su reinado la Iglesia Católica conseguirá grandes avances en Irlanda ya que se conseguirá la supresión de casi todas las prohibiciones políticas y religiosas que pesan sobre Irlanda. Sin embargo, continuará afirmándose la preeminencia de la Iglesia Anglicana en Irlanda. El movimiento católico, al igual que sucederá en otras naciones, como Polonia o Bélgica, se matizará poco a poco, de carácter nacionalista. Su madre, una princesa alemana, desaprueba la manera en que Jorge I y Jorge II han dejado el gobierno en manos de sus ministros, y urge constantemente a su hijo para que «sea un rey», o sea un monarca absoluto.

Irlanda está sumida en un creciente descontento, y GLADSTONE considera que ya es tiempo de liberalizar el dominio británico. La opresión sobre Irlanda está pareciéndose cada vez más a la que Rusia ejerce sobre Polonia, y el sector más liberal de la opinión pública británica no puede consentirlo. Para empezar, la Iglesia anglicana es la oficial en Irlanda, y se sostiene mediante impuestos que acaban pesando sobre el campesinado, católico en su práctica totalidad (salvo en el Noreste). El 26 de julio de 1869, GLADSTONE impone una ley por la que aquella Iglesia deja de ser la oficial para un pueblo que no es anglicano. No resulta fácil llevar a la práctica esa disposición, pues se oponen tenazmente el clero anglicano y los más conservadores.

Con la independencia de Irlanda se conceden derechos especiales a la Iglesia Católica que son confirmados, en la fecha, en la llamada Constitución de 1937. Al mismo tiempo se garantiza de forma específica la tolerancia religiosa para anglicanos, presbiterianos, metodistas, cuáqueros y judíos. En Irlanda el 90% de la población es católica y el resto protestante. En el Ulster -Irlanda del Norte- el 35% es católico y el 65% protestante.

El Papa Juan Pablo II concelebra una misa con el líder de la Iglesia anglicana, uno de los primeros gestos de apertura hacia otras iglesias.