El Manierismo (1560-1615) es el resultado de la aplicación hasta su último extremo de las reglas fijadas durante el Renacimiento. A resultas de este desarrollo se dio una vuelta más a un estilo que se estaba agotando dentro de los rígidos esquemas del canon. Así, en círculos independientes, como las cortes privadas de ciertos príncipes y algunos núcleos de intelectuales, se patrocinó un arte exagerado, críptico a veces, sólo apto para iniciados y paladares exquisitos, capaces de apreciar los significados ocultos de la violación y retorcimiento de las reglas pictóricas. Cortes como la de Rodolfo II en Praga, los círculos papales, la república veneciana, El Greco y sus amistades toledanas… son algunos de los sofisticados reductos donde se refugió este arte anti-natural. Los personajes de estas obras sufren tremendas distorsiones en sus anatomías, que ven alargadas sus miembros o sus rostros, dispuestos en posturas retorcidas e imposibles en la realidad. Los colores no remiten a la naturaleza, sino que son extraños, fríos, artificiales, violentamente enfrentados entre sí, en vez de apoyarse en gamas.

El Greco (1540 – 1614) que ha nacido en Creta, trabaja en Toledo a partir de la fecha. Parece ser que el Papa Pío V se siente ofendido por los desnudos que Miguel Ángel ha realizado en la Capilla Sixtina, para lo que el Greco se ofrece a pintar el fresco con decoro y decencia, anulando así la obra de Miguel Ángel. Este hecho ofende a los otros pintores romanos, y es la causa que le obliga huir de Roma con dirección a España. Hay que ir a Toledo para poder apreciar su genialidad, pero los retratos y las obras religiosas expuestas en el Museo del Prado, constituyen una buena introducción. Entrando en los detalles de sus cuadros, las piernas, por ejemplo de Mauricio, Exuperio y Cándido son de un erotismo delicadísimo. No es de extrañar que Felipe II y el Padre Sigüenza dijeran que:”… ese cuadro induce a todo menos a rezar“. 

El 7 de abril de 1614 muere en Toledo, a la edad de 74 años, el pintor de origen griego Doménikos Thetokópoulos, llamado El GRECO. El pintor es enterrado en la iglesia toledana de Santo Domingo el Antiguo. Durante su estancia en la ciudad toledana vivirá en las casas principales del Marqués de Villena. Poseía una gran biblioteca, y a lo largo de su vida se mueve en un círculo de amistades vinculadas a la alta burguesía y al clero. Entre toda la obra pictórica del GRECO, abundantísima por otra parte, destaca “El entierro del conde Orgaz”, encargo que le hace el párroco de la iglesia toledana de Santo Tomé.

Actualmente, el Museo del Prado alberga las mejores obras coleccionadas por la realeza española —que en su mayoría fueron compradores ávidos, entendidos y adinerados—, así como pinturas españolas provenientes de otras fuentes y reunidas durante los dos últimos siglos. En total hay 7.000 cuadros, de los que unos 1.500 (una cifra impresionante) están expuestos de forma permanente. El proyecto de modernización y ampliación del museo (con la incorporación de tres edificios cercanos) permitirá que el Prado duplique el número de pinturas expuestas. Lo más destacado del museo son las obras flamencas, incluidas casi todas las mejores de El Bosco, y por supuesto la incomparable colección de artistas españoles, en particular las pinturas de Velázquez (incluidas Las Meninas), Goya (entre ellas las majas y la serie Pinturas negras) y de El Greco. También hay una gran colección de arte italiano (entre cuyos cuadros destacan los de Tiziano) que reunieron Carlos V y Felipe II, ambos grandes mecenas del Renacimiento, y una excelente colección de pintura flamenca y holandesa recopilada por Felipe IV.

La colección de obras españolas del Prado empieza con los ciclos de los frescos románicos del siglo XII, reconstruidos a partir de un par de iglesias de Soria y Segovia de la época mozárabe y con las primitivas tablas pintadas, dedicadas a temas exclusivamente religiosos de los siglos XIV y XV, Francés, Bermejo, Berruguete. Las colecciones provenientes de los Siglos de Oro español (finales del siglo XVI y XVII bajo los Habsburgo) corresponden a El Greco (1540 – 1614): Trinidad, y Adoración de los pastores, también a Diego de Velázquez (1599 – 1660): Las Meninas, Las Hilanderas,  Cristo crucificado, Los Borrachos, La Rendición de Breda, La Villa Médici. Por otra parte, hay cuadros de Zurbarán (1598 – 1664), Murillo (1618 – 1682), Cano (1601 – 1667), Valdés Leal (1622 – 1660), Carreño (14641 – 1685), Ribera (15914 – 1625) y otros. Finalmente, dentro de las obras españolas, este museo posee una impresionante colección de las pinturas de Francisco de Goya y Lucientes (1746 – 1828) ya bajo los Borbones: La Maja vestida y La Maja desnuda, La lucha con los mamelucos, Los fusilamientos  de la montaña del Príncipe Pío. También son de Goya los Cartones pastoriles y las Pinturas negras.