A partir de los años 1231-1233, durante el pontificado de GREGORIO IX, los tribunales inquisitoriales se multiplican sin un plan sistemático y organizado, sobre todo en Francia, Italia, Alemania, Países Bajos, Hungría y Bohemia. Sus titulares son preferentemente miembros de las órdenes regulares, con un neto predominio de los dominicos. Resulta indudable que inicialmente los procedimientos previstos son aplicados con un rigor tal vez excesivo, que en algunos casos degenera en verdaderos abusos. Con el tiempo la normativa será atemperada por una serie de correctivos.

El emperador alemán, FEDERICO II, ordena que cualquiera que sea condenado por herejía en todo el Imperio -ya lo había ordenado concretamente para Lombardía y Sicilia- se le queme vivo, e implora al papa “a quien corresponde eliminar todo mal que amenace a la Religión cristiana”, que coopere con él para que la locura herética pueda ser aniquilada con las dos espadas que tienen en sus manos.

JAIME I de Aragón promulga en Zaragoza, varias constituciones que tienen que ver con la persecución a los herejes. JAIME I actúa con asistencia y consejo de seis Obispos, de los Maestros del Templo y del Hospital, de muchos abades y otros prelados. Uno de estos decretos, dice: “En los lugares sospechosos de herejía, un sacerdote o clérigo nombrado por el Obispo, y dos o tres laicos elegidos por el Rey o por sus vegueres y bailes, harán inquisición de los herejes, con privilegio para entrar en toda casa y escudriñarlo todo, por secreto que fuese. Estos inquisidores deberán poner inmediatamente sus averiguaciones en noticia del Arzobispo u Obispo y del vicario o baile del lugar, entregándole los presos”.

Es cosa que sorprende, hasta el punto de parecer inexplicable, que en estas épocas, de perturbaciones y de luchas, de venganzas y de atropellos, la altivez y fiereza de los guerreros doble tan resignadamente su cerviz ante el clero, formado por hombres que no disponen de fuerza alguna material y cuyo poder no tiene fundamento ninguno fuera de las conciencias. Y en verdad que el tal poder es absoluto, ya que la salvación eterna de todo cristiano depende de su obediencia a la Iglesia y del ardor con que tome las armas en su defensa.

GREGORIO IX tiene algunos problemas con la actuación de sus enviados personales a los lugares donde hay más herejes y con las actitudes de sus colaboradores locales, por lo que se refuerza su decisión de emplear para estos menesteres a las nuevas órdenes mendicantes. El establecimiento de estas órdenes parece una intervención providencial para proporcionar a la Iglesia de Cristo lo que con mayor urgencia precise.

Si además de esta carencia de partidismos de lugar, son los jueces hombres especialmente adiestrados para el descubrimiento y conversión de los herejes, si además renuncian al mundo por votos irrevocables; si no pueden necesitar bienes materiales y son sordos a las llamadas del placer, parece que se brindan todas las garantías posibles de que sus importantes obligaciones serán cumplidas dentro de la más estricta justicia, que, mientras se protege la pureza de la fe, no habrá innecesarias opresiones, crueldades o persecuciones al dictado de intereses particulares o por venganzas de tipo personal.

Los obispos de estos tiempos, son en su mayoría personas ignorantes por lo que su labor para hacer desistir a los herejes progresa lentamente y en cambio las herejías se extienden con rapidez. En vista de la poca eficacia de los obispos -en carta muy importante del papa GREGORIO IX, fechada en abril de 1233, se describe a los obispos como agobiados por un “torbellino de vigilancias” y por “inquietudes abrumadoras”- los dominicos toman a su cargo el aspecto doctrinal y legal de la Inquisición. Se trata de unificar la legislación contra los herejes y de confiar comisarios pontificios el cuidado de juzgarlos. Según se va haciéndo más aparente la necesidad de tribunales especiales y permanentes, todas las razones aconsejan que estén por encima de las envidias y enemistades locales que pueden inducir a perjudicar al inocente, y de los favoritismos, también locales, que pueden conspirar a la impunidad del culpable.

El legado pontificio JUAN de Viena ordena que los inquisidores vayan en persona a las localidades en las que se juzgue necesario abrir información. Esta medida no siempre dará resultado, pues en algunas ocasiones, sabedora la población de la próxima llegada del inquisidor, se avienen los habitantes de ella y se comprometen a no denunciar a nadie y en este caso el inquisidor no tiene más remedio que torcer el camino e ir a otra población. Casos como éste darán a entender un cierto espíritu de oposición que late en el pueblo.

Es natural que de vez en cuando y a pesar de la vigilancia de Roma aparezca alguna oveja negra entre el personal de la Inquisición, para crear perturbaciones e injusticias. Por ejemplo Roberto le Bougre, quien engreído por sus éxitos y para su satisfacción personal juzga en una semana a un grupo de maniqueos en Champagne de más de 180 personas quemándolos a todos, en la fecha, en presencia del Rey de Navarra TEOBALDO I el Trovador y de varios dignatarios. Cuando llegan a Roma las quejas por este hecho, es demasiado tarde para salvar a las víctimas. Pero GREGORIO IX suspende inmediatamente a Roberto le Bougre y ordena su encarcelamiento para toda su vida.

Se celebra un Concilio en Tarragona, siendo su arzobispo D. PEDRO de Albalat. En este concilio, se fijan normas a seguir en los juicios promovidos por la Inquisición, se establece la pena de prisión perpetua para los que no abjuren, se regulan las penitencias y fórmulas de las abjuraciones, etc. Los reconciliados deben ponerse todos los domingos de cuaresma a la puerta de la iglesia, por espacio de diez años, con el hábito de penitente, en el cual han de estar pegadas dos cruces de diferente color que el hábito. El dominico Poncio de Blanes muere envenenado por los herejes.