El vicecanciller del Vaticano, RODRIGO de BORGIA, no oculta su origen valenciano. La lengua familiar se convierte en habitual en el Vaticano, a lo que ayuda la presencia de gran cantidad de paisanos y parientes. Los azulejos de Manises y Gandía, los terciopelos y las danzas valencianas no tardan en ponerse de moda en Roma. A principio de 1492, ofrece a los romanos una corrida de toros en la Piazza Navona, en la que torea uno de sus hijos CÉSAR. El conocido cardenal vicecanciller, celebra así la toma de Granada, el 2 de enero de 1492, por los Reyes Católicos

Tras la muerte de Papa Inocencio VIII, RODRIGO DE BORGIA, I), es elegido papa por unanimidad, con el nombre de ALEJANDRO VI (11.8.1492-18.8.1503). Su inmoralidad es notoria, algo que los no católicos utilizarán luego como argumento para atacar al Papado en su conjunto. (Se conserva su correspondencia privada, en catalán.) Uno de los aspectos controvertidos de la elección papal de ALEJANDRO VI es si ésta fue o no simoníaca. Los cronistas antiborgianos de la época refieren que tras el cónclave, podían verse los pares de mulas cargadas de oro desde la residencia de ALEJANDRO a las de los cardenales que le habían votado. Este tema, junto con los envenenamientos, el incesto, las orgías en el Vaticano y el asesinato de su hijo JUAN forman el núcleo de la leyenda negra de los BORGIA.

Ciertamente, ALEJANDRO VI es un hombre inmoral, pero cuando los enemigos del catolicismo dicen que es absurdo considerar a un hombre así infalible en cuestiones de fe y de costumbres, se puede responder que ALEJANDRO VI no hizo nunca ninguna definición dogmática ex cathedra a lo largo de su pontificado. Y se puede añadir que llevar una vida inmoral no signilica justificarla, y ALEJANDRO VI nunca tratará de hacerlo. Si un solo Papa a lo largo de la historia hubiese hecho alguna proclamación dogmática equivocada o herética, el dogma de la infalibilidad pontificia nunca habría sido proclamado, y lo fue en el año 1870.

La familia BORGIA participa -quizá en grado superlativo- del “espíritu del Renacimiento” que puede sintetizarse como una exaltación del cuerpo en detrimento del alma, lo que lleva, como inevitable consecuencia, a un tremendo deterioro de los valores morales. Lo que, sin duda, no es bueno para un papa. (Puede decirse que el romanticismo anticlerical del siglo XIX transmitirá una imagen de la familia BORGIA, especialmente de ALEJANDRO VI, LUCRECIA y CÉSAR, ciertamente exagerada y hasta esperpéntica.)

Como cabeza de la Iglesia, ALEJANDRO VI será un pontífice que defenderá los intereses del papado con inusitada firmeza. En cuanto a la actividad interna de la Iglesia, impulsará y aprobará las reglas de varias órdenes monásticas, como la de los mínimos de S.FRANCISCO de Paula; esta orden será la primera en acompañar a COLÓN -en su segundo viaje- con la misión de evangelizar el nuevo mundo. También agilizará el funcionamiento de la Cancillería, recuperará algunas normas de derecho canónico y durante su pontificado el Santo Oficio será algo más flexible.

ALEJANDRO VI se enreda en una política donde los intereses de estado y los familiares se entrelazan de forma descarada. Dos son las líneas que rigieron su política: asegurar el equilibrio de las potencias italianas, como garantía de la paz itálica y de la independencia del papado, y buscar el enaltecimiento de sus hijos, cuyos matrimonios sellan alianzas convenientes para el Pontífice. Asimismo, procura reforzar su control sobre los Estados Pontificios, iniciando un proceso moderno de centralización. Pero para ello utiliza un método abusivamente nepotista, enviando a sus hijos Juan y César contra los señores feudales que le eran infieles y unificando bajo el mando de César los territorios que les arrebata. Esto despierta el recelo de los Estados de Italia, pues temen que esas conquistas acaben convirtiéndose en un Estado de los BORGIA, no de la iglesia.

LUCRECIA de BORGIA, hermana de CÉSAR de BORGIA, es utilizada por su padre, el Papa ALEJANDRO VI, para sus fines políticos. La no consumación del matrimonio de LUCRECIA con Gaspar de Prócida permite que se anule, y, en la fecha, LUCRECIA se casa con Giovanni SFORZA, conde de Cortignola. Fue un matrimonio de lo más extraño pues el marido, tras la boda, se retiró a su señorío y con el pretexto de la juventud de la novia pospuso el cumplimiento de sus deberes conyugales, no sabiéndose si llegó a consumar el matrimonio.

CÉSAR de BORGIA, hijo natural del Papa ALEJANDRO VI, es nombrado arzobispo de Valencia.

Con motivo de la expulsión de los judíos de España por los Reyes Católicos, el papa ALEJANDRO VI actua con firmeza, haciendo gala de humanidad. Muchos de lo judíos huidos «ilegalmente», buscan refugio en los Estados Pontificios, y cuando ISABEL la Católica pide al Papa su extradición, ALEJANDRO VI se niega en redondo. No está dispuesto a entregar a quienes buscan la protección papal, sean cristianos o no.

El papa ALEJANDRO VI casa a su otro hijo, JOFRE de BORGIA, con Sancha, hija del rey ALFONSO II de Nápoles.