El Cardenal CISNEROS, sofocará una intentona de emancipación de Navarra, acabará con muchos abusos, poniendo de este modo la Hacienda Pública en próspera situación, trabajará cuanto pueda para evitar la introducción de negros en América, y mejorar la condición de los naturales en nuestras colonias. Tanto los nobles castellanos como los flamencos, que empiezan a acudir como buitres a Castilla, se pondrán en contra del cardenal CISNEROS.

En 1516, habiendo fallecido Fernando II, el emperador Carlos V (CARLOS I Rey de España) junto con su madre JUANA I de Castilla incorporan los reinos siciliano y napolitano  a los territorios de su Monarquía Hispánica, y como ambos reinos mantienen su sistema administrativo y de gobierno separados uno de otro, entonces los reyes portarán en su titulación el de Reyes de las Dos Sicilias. Carlos I de España será CARLOS II de las Dos Sicilias (Sicilia 1516 – 1556)(Nápoles 1516 – 1554) y su madre (Reina nominal) Juana I de Castilla, será JUANA III de las Dos Sicilias (Sicilia 1516 – 1555) (Nápoles 1516 – 1554). Cuando CARLOS II quiere aplicar a estos reinos los impuestos habituales, se produce un importante malestar del pueblo siciliano, que rechaza inicialmente tal imposición, alegando que el reino de Sicilia se ha entregado libremente a su antecesor, sin impuestos de ningún tipo y así debería continuar. Palermo se insurrecciona contra el Virrey Hugo de Moncada, llamado el tirano y el asesino de Sicilia, constriñéndolo a la fuga. El Virrey -que lo es desde 1509- es sustituido en el gobierno de Sicilia por Simone I de Ventimiglia. Así, los virreyes españoles se irán sucediendo en el gobierno de Sicilia hasta 1707 en que tomará posesión el último de ellos, Carlos Antonio Spínola. Después, al terminar la guerra de sucesión española Sicilia será cedida a Saboya (bajo el reinado de Víctor Amadeo II) mediante los tratados de Utrecht.

Carlos quiere la totalidad del poder por lo que se hace proclamar rey de las Españas.

Entretanto, los más leales servidores de Fernando II se trasladan a Bruselas para ponerse a disposición del nuevo rey. Los castellanos ven perfilarse un futuro gobernado por flamencos y aragoneses, algunos de éstos, para más escarnio, judíos conversos. CARLOS acaba de cumplir los dieciséis años y es un joven frío, indeciso e influenciable, que sólo se interesa por la caza y la equitación. No ha sido verdaderamente educado para la tarea que se le viene encima. Como no ha estado nunca en España, y ni siquiera conoce su idioma, no parece tener prisa en partir hacia sus estados, y encarga a muchos de sus consejeros flamencos que gobiernen el país; así, ADRIANO de Utrecht comparte la regencia con el cardenal español Jiménez de CISNEROS, y el fiel CHIEVRES dirige, en la práctica, la política española. En pocos meses, los flamencos ocupan los cargos más ostensibles, y son acusados por los españoles de saquear vergonzosamente el país, de encauzar todo el oro hacia los Países Bajos, de ignorar las costumbres nacionales y de oprimir a la población.

CARLOS I y su hermana Leonor, tras sufrir penas y enfermedades, llegan a Tordesillas donde se reúnen con su madre la reina JUANA, y ésta da a su hijo la autorización para que asuma los poderes como rey. Algo más ocurrirá, pues CARLOS, hijo de JUANA, va a mantenerla recluida. JUANA, que permanecerá a lo largo de 46 años en Tordesillas, querrá estar al margen de la vida política en la que no quiere intervenir, pero seguirá defendiendo que sólo ella es la reina y que su hijo CARLOS no es más que príncipe.

CARLOS es jurado junto a Juana, en Barcelona, el 16 de abril de 1519 donde se hacen grandes fiestas con tal motivo. La corte permanecerá en la ciudad hasta enero del año siguiente.

CARLOS I, que es el vigésimooctavo conde de Barcelona, presta, en la fecha, juramento a los Usatges, el código de leyes de los catalanes, si bien éstos se resisten a reconocerlo como rey, viviendo todavía su madre JUAN

Los comuneros de Castilla lo primero que hacen es apoderarse de Tordesillas, donde está recluida la reina JUANA la Loca, para pedirle que actúe como reina efectiva de Castilla. Consideran que CARLOS no tiene ningún derecho a reinar en vida de su madre, que ha sido víctima de un complot para apartarla del poder. Pero ésta se niega a unirse a los insurgentes -no quiere firmar ningún documento en contra de su hijo CARLOS- aun cuando éstos la toman como bandera ya que, al parecer, comparte sus ideas.

En diciembre de 1520, los Grandes se apoderan otra vez de Tordesillas y vuelven a insistir ante la reina. El marqués de Denia tiene órdenes estrictas de CARLOS I, para que nadie entre en contacto con JUANA; todo lo que ocurre en Tordesillas debe quedar secreto.

CARLOS I firma el 17 de diciembre, en Worms (Renania-Palatinado), una real orden por la que condena a 249 destacados comuneros. Las condenas son a muerte para los seglares y otras son las penas para los clérigos, declarando “…traidores desleales, rebeldes e infieles a cuantos apoyen a la comunidad…”.