El tres de septiembre, reunida por fin la Congregación General, el P. Arrupe presenta su renuncia al cargo ante todos los Padres congregados.

El P. Peter-Hans Kolvenbach es elegido General de la Compañía de Jesús. Su primer gesto es abrazar al P. Arrupe mientras le dice: “Ya no le llamaré a usted Padre General, pero le seguiré llamando padre”. Peter Hans Kolvenbach es consciente de que no emprende un camino de rosas sino de espinas. Aunque buena parte del golpe de timón lo han dado los dos jesuitas italianos -Paolo Dezza y Giuseppe Pittau- que Juan Pablo II nombra administradores en 1981, la Compañía de Jesús es como un buque de gran tonelaje: pasa mucho tiempo desde que se da la orden de virar hasta que, por fin, se ve ya el cambio de rumbo. Kolvenbach asume la tarea de completarlo con dulzura, de resolver poco a poco los conflictos con el Vaticano sin abrir otros dentro de la Compañía. El sobrio jesuita holandés empieza a trabajar en condiciones poco envidiables. La «intervención» papal de la Orden ha mostrado al mundo la desconfianza del Vaticano, y Kolvenbach es el primer prepósito que asume el cargo en vida del precedente, el padre Arrupe.

En El Salvador, la madrugada del 16 de noviembre de 1989, en plena ofensiva del insurgente Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, FMLN, varios soldados irrumpen en el campus de la Universidad Centroamericana José Simón Cañas (UCA) de El Salvador y matan a sangre fría a seis sacerdotes católicos de la orden jesuita y a dos trabajadoras de la residencia religiosa. Cinco de los jesuitas eran españoles. Entre ellos se encuentra Ignacio Ellakuría, rector de la UCA entonces, una de las voces más importantes de la corriente cristiana de la liberación en América Latina.

Fallece el padre Arrupe, superior general de la Compañía de Jesús. Después de casi diez años de dolorosa inactividad y de ofrenda física y psíquica por la Compañía, la Iglesia y la Humanidad, el 5 de febrero entrega su alma a Dios en la casa generalicia de los jesuitas en Roma. Días antes, ya en agonía, le ha visitado JUAN PABLO II.

La Compañía de Jesús, consta por estas fechas con 54 provincias, y cuenta con unos 30.000 miembros. La organización de la Compañía es jerárquica y se halla centrada bajo un prepósito general.