Se inicia desde Panamá la conquista de Perú, el imperio incaico (1531-1535) a cargo de FRANCISCO PIZARRO, Diego de Almagro y el sacerdote Fernández de Luque. Hubo discordias y rivalidades entre ellos. Almagro fue condenado a muerte y los almagristas vengaron su muerte asesinando a FRANCISCO PIZARRO. (Francisco Pizarro había nacido en Trujillo, Cáceres, en 1476). HURTADO DE MENDOZA terminó la pacificación del Perú.

FRANCISCO PIZARRO llega, después de 53 días de agotadora marcha, a Cajamarca, residencia del soberano inca Atahualpa. Con 183 hombres contra 40.000, se apoderará de Atahualpa en el transcurso de una emboscada, matando con sus cañones a 2.000 indios.

Caído el Imperio Incaico en poder de Francisco Pizarro, éste entró en su capital, Tihuanaco, el 15 de noviembre de 1532, cambiando el destino de sus tierras y sus hombres.

Francisco PIZARRO consigue por Atahualpa un alto rescate de oro y plata antes de ejecutarlo.

Francisco PIZARRO se apodera y controla Cuzco, situada al S.E. de Lima, y en su día, capital del imperio de los incas. Fin del imperio incaico, aunque la resistencia continuará con Manco Cápac II, hermano de Atahualpa.

Francisco Pizarra funda la Ciudad de los Reyes (Lima) en el valle de Lima; la ciudad se convertirá pronto en la capital del virreinato del Perú.

Diego de Almagro inicia desde Perú la conquista de Chile.

Los hermanos Gonzalo y Hernando Pizarro derrotan a Diego de Almagro. Las disputas entre los Pizarro y Almagro surgen a raíz de la ocupación de Cuzco, por parte de aquellos, tras la conquista de Perú. Almagró consideraba que Cuzco estaba bajo su jurisdicción y la había ocupado desde 1537. La batalla tiene lugar en las salinas situadas a cinco kilómetros de la ciudad de Cuzco. Almagro será ejecutado unos días después de la derrota. Pequeño, feo, tuerto a causa de un flechazo indio en Pueblo Quemado, Almagro tenía en cambio un gran atractivo personal por su sencillez. Almagro fue bueno y nada rencoroso, buen soldado, disciplinado y fiel, como demostró durante los tres años que sirvió a Pizarro. Otros historiadores han visto en él un envidioso, causa de su enemistad con el conquistador del Perú.

El conquistador español Francisco de Orellana, procedente de Perú, desciende por un río de miles de kilómetros hasta el Atlántico. Sus relatos del combate con las guerreras indias coniapayara o con guerreros de pelo muy largo serán la causa del nombre de Amazonas con que se bautizó al río.

Desde la insurrección de Cuzco en 1544, la familia de los Incas se había confinado en Vilcabamba, al norte de la antigua capital del Imperio. Su orgullo no le permitía mantener relaciones con los españoles y vivía atenta al momento trágico en que pudiera capitanear una insurrección de masas indias. Su mártir y jefe, Túpac Amaru, acusado de crueldad, fue mandado descuartizar por el virrey Toledo.