En la madrugada del 2 de marzo de 2009 es asesinado en un atentado con bomba, en los cuarteles del ejército, el jefe del Estado mayor Tagmé Na Waié. Algunos militares opinan que el asesinato del Jefe del Estado Mayor en Guinea Bissau ha sido ordenado por el presidente de Guinea Bissau, João Bernardo Vieira. Horas después, éste es asesinado por unos militares en la residencia presidencial. Previamente se ha negado al ofrecimiento de la Embajada de Angola de evacuarlo a su sede diplomática. Muere a los 69 años, tras haber estado más de 23 años al frente de Guinea Bissau.

Después de la muerte de Vieira, los militares del país juran respetar la orden constitucional de sucesión. El portavoz de la Asamblea Nacional, Raimundo Pereira asume el poder interinamente hasta una elección nacional, que tiene lugar el 28 de junio de 2009.

En las elecciones del pasado mes de junio ha vencido Malam Bacai Sanhá, que asume el poder el Guinea Bisso el 8 de septiembre de 2009.