Debido a la reforma constitucional de 1993, FUJIMORI puede presentarse a la reelección en 1995, venciendo con un 64% de los votos al ex Secretario General de las Naciones Unidas, Javier Pérez de Cuéllar.

En el año 1996 FUJIMORI inicia maniobras legales para presentarse por tercera vez como candidato en el año 2000, desatando la controversia política en torno a la Constitución al promulgar una ley denominada de Interpretación Auténtica de la Constitución, en la que se faculta a sí mismo para presentarse por tercera vez a la presidencia. El argumento de esta ley señalaba que si bien el artículo 112ª indica que el presidente sólo puede ser reelegido para un periodo inmediato, la elección de Fujimori en el año 1990 no cuenta porque no se encontraba vigente la Constitución de 1993 sino la de 1979; en ese sentido, Fujimori argumenta que sólo se ha presentado como candidato una vez (1995), por lo que en el año 2000 se daría su segunda postulación.

El Tribunal Constitucional, dividido ante esta controversia, intenta sancionar acerca de la constitucionalidad de esta ley, lo que motiva que el Congreso de la República, de mayoría fujimorista, destituya a tres de sus miembros. Estas circunstancias gatillan protestas estudiantiles y sindicales, promovidas o azuzadas por la izquierda y otros grupos políticos tradicionales que no acceden al poder por casi una década por ser enemigos del régimen.

En Perú, el 7 de diciembre de 1996, 14 integrantes del Movimiento Revolucionario Tupac Amaru – MRTA, liderados por el ex sindicalista Nestor Cerpa Cartollini toman como rehenes a 600 personas, pertenecientes a lo más alto de la vida política, social y económica peruana, en la residencia del Embajador del Japón. La crisis concita en las siguientes semanas y meses la atención internacional. Los secuestradores exigen la liberación de varios presos del MRTA. La Santa Sede envía como negociador a Juan Luis Cipriani, a la sazón arzobispo de Ayacucho, y se consigue la liberación de la mayoría de los rehenes, quedando solamente 72 de ellos.

La crisis de los rehenes en Perú, finaliza en abril de 1997, cuando son liberados 71 de los 72 rehenes que todavía se mantenían cautivos en un operativo militar denominado Chavín de Huántar, durante el cual un comando del ejército ingresa en la Residencia por túneles subterráneos especialmente construidos para el efecto. Los sucesos son transmitidos desde su inicio en vivo y en directo en Perú y en varios países del mundo vía CNN y otras cadenas de televisión extranjeras. En la operación se informa que han muerto dos comandos, un rehén y los 14 terroristas. FUJIMORI usa el éxito de la operación para consolidar su apoyo entre la población en un momento en que comienazan a aparecer crecientes denuncias de corrupción. Posteriormente se denuncia que varios de estos terroristas habrían sido ejecutados una vez rendidos.

En octubre de 1998 se firma, el Acta de Brasilia, en la cual el Ecuador y el Perú aceptan la fijación de su frontera en un tramo de 78 km en acuerdo a un dictamen de los Garantes del Protocolo de Rio de Janeiro. En un acto simbólico, el Perú cede al Ecuador como propiedad privada (es decir, sin ninguna soberanía) un kilómetro cuadrado de terreno donde se encuentra Tiwinza. El tratado trae la oposición de varios miembros del gobierno y de la cúpula militar, que tiene que ser reorganizada a raíz de esto. Así mismo la oposición denuncia un manejo poco sincero del conflicto con Ecuador.

Tras una campaña proselitista empañada de acusaciones de fraude, tienen lugar en abril de 2000 las elecciones, en las cuales surge sorpresivamente el economista Alejandro Toledo, líder del movimiento político Perú Posible, que aglutina en torno suyo a los grupos de oposición. Durante la primera vuelta, FUJIMORI supera a su rival. Toledo se niega a participar en la segunda vuelta electoral (sin presentar nunca su renuncia oficial ante el Jurado Nacional de Elecciones) y llama a la población a votar en blanco en ésta, que tuvo lugar en mayo y en la que esta opción alcanzará el 17% de los votos.

A raíz de la victoria de FUJIMORI en las pasadas elecciones del mes de mayo, sus detractores incitan protestas y el 26 de julio, durante la toma de posesión de FUJIMORI, tiene lugar la Marcha de los 4 Suyos -que durará tres días- dirigida por Alejandro Toledo. Durante la marcha, se denuncia la infiltración de matones para desorganizarla y ocurre el incendio de una sede del Banco de la Nación, en el cual mueren 6 de sus empleados. Se especula que el gobierno ha ordenado iniciar el incendio, para acusar de subversivos a los opositores.

Poco después de la nueva elección de FUJIMORI en el 2000, y a través de la compra de un vídeo por parte de grupos opositores, salen a la luz el 14 de septiembre de 2000, evidencias de los actos de corrupción efectuados durante su gobierno por Montesinos, su más leal asesor, mediante vídeos de cámara oculta que Montesinos ordenaba grabar y en los que aparecía sobornando a miembros de otros partidos para que apoyasen a Fujimori.

La situación en Perú obliga a FUJIMORI a convocar el 17 de septiembre nuevas elecciones generales, tanto para la elección de un Presidente como de un nuevo Congreso de la República. En estas elecciones, señala FUJIMORI, no participará. FUJIMORI cesa a Montesinos de su cargo formal como asesor, agradeciéndole los servicios prestados, en un acto que provoca indignación en muchos. Se acusará al presidente por haber supuestamente entregado 15 millones de dólares a Montesinos como indemnización. Poco después, Montesinos viajará a Panamá buscando un hipotético asilo político.