Nace Sonam Gyatso, III Dalai Lama (1543-1588), fue en realidad el primero que asumió el título de Dalai (palabra mongola que significa «gran océano»). Al convertir al jefe mongol Altan Khan y a toda su tribu, asentó definitivamente la hegemonía de la secta en el Tíbet, extendiendo su influencia sobre Mongolia, China occidental, Bután y Sikkim.

Nace el I Panchen Lama, Lozang Chökyi Gyalthen, maestro del V Dalai Lama. Este le conferirá el título de “Panchen” (“Gran Maestro”).

La hostilidad entre los lamas kagyupas y los gelukpas va creciendo. Éstos últimos recurren a la protección de los reyes mongoles. En 1578, el caudillo mongol ALTHAN KAN apoya a la secta gelukpa en su lucha contra las demás sectas lamaístas, confiriendo a Sonam Gyatso el título de dálai lama (“océano de sabiduría”). Se reedita, de esta manera, el acuerdo de vasallaje del siglo XII. Sin embargo, Sonam Gyatso no es el primer dalai lama, sino el tercero, pues la distinción se otorga con efectos retroactivos a sus dos primeras reencarnaciones. En realidad, el primer dalai lama ha sido Gedun Drup, el principal discípulo de Tsongkhapa, que ha fundado el monasterio de Tashilhumpo. La paradoja estriba en que, cuando es investido III Dalai Lama, Sonam Gyatso, es abad del monasterio de Drepung y, por tanto, hay otro abad en Tashilhumpo, que ya es conocido como panchen lama. Pese al origen común, la dualidad se respetará hasta nuestro tiempo.

El dalai y el panchen son, respectivamente, la primera y la segunda autoridad espiritual del budismo tibetano y ambas se encargan de supervisar el hallazgo de sus respectivas reencarnaciones. El panchen lama, además, asume en funciones la dirección política y controla al regente que gobierna en el período que transcurre entre la defunción, la detección de la reencarnación y la formación del nuevo dalai lama.

Nace el IV Dalai Lama, Yontan Gyatso (bisnieto de Altan Khan). (1589-1616)

Nace el V Dalai Lama, Ngawang Lozang Gyatso el Grande, en el sur del Tíbet. Uno de los más grandes Dalai Lamas. Posteriormente restablece la independencia del Tíbet y extiende su autoridad hasta el confín de los territorios tibetanos. Vuelve a abrir el comercio con la India y visita China. El V Dalai Lama declara que su tutor, Blo-bzang chos-kyi-rgyal-mtshan (1570-1662), en ese momento Panchen Lama, se reencarnará en un niño. La creencia de la reencarnación del Panchen se mantiene hasta nuestros días. Ngawang Gyatso, V Dalai Lama (1617-82) fue el primero en asumir el gobierno temporal del Tíbet además del liderazgo espiritual. Dicho cambio tuvo lugar en 1642, al destronar el príncipe mongol Gusri Khan al rey del Tíbet y titularse él mismo rey; en realidad, Gusri se limitó a ejercer un protectorado militar sobre el Dalai Lama, que era quien gobernaba efectivamente. Al morir Gusri en 1655, el Lama pasó a controlar el poder en solitario, si bien su autoridad religiosa estaba limitada por la de otro dignatario budista, el Panchen Lama. Fue este V Dalai Lama quien construyó el Palacio de Potala en Lhasa, desde donde han ejercido el poder sus sucesores hasta el siglo XX.

Desde 1642 hasta 1959 los Dalai Lama ostentaron además el poder temporal en el Tíbet. Al morir cada Dalai Lama, los monjes (lamas) del Monasterio Amarillo designan a su siguiente reencarnación en un niño de corta edad, interpretando una serie de signos con arreglo a su religión; no se trata, por tanto, de una dinastía de monarcas hereditarios, sino de la máxima magistratura personal de un régimen teocrático. En el interregno entre la muerte de un Lama y la mayoría de edad del siguiente, el Monasterio ejerce directamente el poder designando a un regente, al tiempo que se ocupa de la educación del futuro jefe.

GUSHRI KHAN, soberano de los mongoles khoshot, derrota a Karnma Tankyong y entroniza al V Dalai Lama, Lobsang Gyatso, como gobernante del Tíbet. Su ascensión política está motivada por las peleas entre clanes mongoles y chinos, que apoyan a sectas tibetanas diferentes. Lobsang Gyatso, a veces llamado el Gran Quinto, fija definitivamente la capital en Lhasa, construye el majestuoso monasterio-residencia de Potala y establece buenas relaciones con los manchúes de la dinastía CHIN.

En 1644, al substituir a la dinastía MING, el Gobierno Central de la dinastía QING introduce una serie de reglas y reglamentos para administrar el Tíbet. Primero, crea un área administrativa legal en el Tíbet. Según la división legal, el área administrativa del Tíbet limita con Yunnan, Sichuan, Qinghai y Xinjiang. Llamada también U-Tsang, el área es equivalente a la actual región autónoma del Tíbet. Segundo, se determinan los sistemas político y administrativo y la forma de la organización del poder político local.

En 1645, el V Dalai Lama, Ngawang Lozang Gyatso, emprende la construcción de uno de los edificios más famosos del Asia, el palacio del Potala ( monasterio, sede gubernamental y residencia de los Dalai Lamas ) que con sus más de 15 capillas y 3000 habitaciones. El Gran Quinto, como es llamado por los tibetanos, también constituye un sistema de gobierno que perdurará hasta la primera mitad del siglo XX.