Desde 1992, se acusa a FUJIMORI de iniciar una política de intervención en los canales de televisión y periódicos para obtener el apoyo de éstos para su gobierno y el ocultamiento de actos de corrupción. Se soborna a varios directores. A cargo de esta política está el asesor de inteligencia Vladimiro Montesinos, quien será el hombre fuerte del gobierno desde las sombras. Se denunciaron varios casos de amenazas y amedrentamiento de periodistas e incluso se denunciaron planes para el asesinato de éstos, con el nombre de Plan Narval.

El 12 de septiembre se asesta el golpe decisivo al terrorismo en Perú. En esa fecha la Dirección Nacional contra el Terrorismo (DINCOTE), dirigida por el coronel de policía Ketín Vidal logra capturar pacíficamente a Abimael Guzmán, jefe del grupo terrorista Sendero Luminoso, quien pretendía establecer un régimen maoísta en el Perú, junto con varios miembros del comité central de la organización. Tras esto, Sendero Luminoso entrará en un franco retroceso y en pocos años habrá quedado reducido a columnas en la selva alta peruana, sin representar ninguna amenaza real. De esta forma se pondrá fin a una década de terror de esta organización y retornará la paz interna.

En Perú, el 13 de noviembre de 1992, el general de división EP Jaime Salinas Sedó lidera, junto con un grupo de militares del Ejército del Perú, un intento de golpe de estado contra su gobierno. Cuando los militares se alzan contra FUJIMORI, éste busca rápidamente refugio en la embajada del Japón y denuncia la medida como un intento de asesinarlo. El golpe es controlado y sus líderes encarcelados.

En Perú, los principales hechos del primer gobierno de FUJIMORI son la disolución del Congreso y la aprobación de una nueva Constitución en 1993, la derrota de los grupos terroristas Sendero Luminoso y MRTA (Movimiento Revolucionario Túpac Amaru), que pone fin a un largo conflicto interno y las reformas económicas introducidas en la economía para su recuperación.

Fujimori inicia entonces un gobierno de emergencia al que se bautiza como Gobierno de Emergencia y Reconstrucción Nacional, que es tildado como autoritario. Ese mismo año convoca elecciones para un Congreso Constituyente Democrático que sanciona posteriormente la Constitución de 1993, con cambios en el funcionamiento del estado, dándole más poder al Presidente y recortando los poderes del Congreso; además de reducir el poder fiscalizador del estado diferentes temas. Esta constitución es aprobada mediante el referéndum de 1993 contando a favor el 52,24% de los votos válidos. Sin embargo, se mantendrán sospechas de que el proceso del referéndum es manipulado

Debido a la reforma constitucional de 1993, FUJIMORI puede presentarse a la reelección en 1995, venciendo con un 64% de los votos al ex Secretario General de las Naciones Unidas, Javier Pérez de Cuéllar.

En el año 1996 FUJIMORI inicia maniobras legales para presentarse por tercera vez como candidato en el año 2000, desatando la controversia política en torno a la Constitución al promulgar una ley denominada de Interpretación Auténtica de la Constitución, en la que se faculta a sí mismo para presentarse por tercera vez a la presidencia. El argumento de esta ley señalaba que si bien el artículo 112ª indica que el presidente sólo puede ser reelegido para un periodo inmediato, la elección de Fujimori en el año 1990 no cuenta porque no se encontraba vigente la Constitución de 1993 sino la de 1979; en ese sentido, Fujimori argumenta que sólo se ha presentado como candidato una vez (1995), por lo que en el año 2000 se daría su segunda postulación.

El Tribunal Constitucional, dividido ante esta controversia, intenta sancionar acerca de la constitucionalidad de esta ley, lo que motiva que el Congreso de la República, de mayoría fujimorista, destituya a tres de sus miembros. Estas circunstancias gatillan protestas estudiantiles y sindicales, promovidas o azuzadas por la izquierda y otros grupos políticos tradicionales que no acceden al poder por casi una década por ser enemigos del régimen.

En Perú, el 7 de diciembre de 1996, 14 integrantes del Movimiento Revolucionario Tupac Amaru – MRTA, liderados por el ex sindicalista Nestor Cerpa Cartollini toman como rehenes a 600 personas, pertenecientes a lo más alto de la vida política, social y económica peruana, en la residencia del Embajador del Japón. La crisis concita en las siguientes semanas y meses la atención internacional. Los secuestradores exigen la liberación de varios presos del MRTA. La Santa Sede envía como negociador a Juan Luis Cipriani, a la sazón arzobispo de Ayacucho, y se consigue la liberación de la mayoría de los rehenes, quedando solamente 72 de ellos.

La crisis de los rehenes en Perú, finaliza en abril de 1997, cuando son liberados 71 de los 72 rehenes que todavía se mantenían cautivos en un operativo militar denominado Chavín de Huántar, durante el cual un comando del ejército ingresa en la Residencia por túneles subterráneos especialmente construidos para el efecto. Los sucesos son transmitidos desde su inicio en vivo y en directo en Perú y en varios países del mundo vía CNN y otras cadenas de televisión extranjeras. En la operación se informa que han muerto dos comandos, un rehén y los 14 terroristas. FUJIMORI usa el éxito de la operación para consolidar su apoyo entre la población en un momento en que comienazan a aparecer crecientes denuncias de corrupción. Posteriormente se denuncia que varios de estos terroristas habrían sido ejecutados una vez rendidos.