En el siglo XVI los dos gobernadores poderosos del Sudán son los sultanes de Darfur y Fung. Sobre las ruinas de Meroe, se levantaron en las cataratas los reinos de Nobatia, Dongola y Aloa, cristianizados en el s. VI, que perduraron bastante tiempo, aunque sometidos al angustioso cerco musulmán. Efectivamente, desde el s.VIII se establecieron muchos árabes en el país del Sennar entre los Nilo Blanco y Azul y, mezclándose a los nativos, originaron al pueblo fung, auténtica barrera entre los cristianos nubios y abisinios. En el primer tercio del s.XVI, su rey Amara Dunkas conquistó Aloa. Es el principal monarca de los fung, que aún tendrán otro momento brillante a fines del s. XVIII, para decaer a continuación hasta ser fácil presa de los egipcios en 1821.

AHMAD I al-MANSUR de Marruecos, se apodera de parte del Sudán, lo que le permite, en la fecha, controlar el comercio del oro, de los esclavos y de la sal.

En el siglo XVII, debido a la conquista árabe, la región de Kush es enteramente musulmana.

El territorio de Sudán ocupado por Egipto, es organizado en una provincia llamada Jartum.

A mediados del siglo XIX, Sudán centra el interés de los británicos a causa de su importancia estratégica para rutas comerciales a la India a través del recién abierto Canal de Suez y también, con el fin de limitar la influencia francesa en África.

La política expansionista de Ismail, virrey egipcio, extiende la influencia egipcia hacia el Sur, al Sudán, acarreando una guerra con la antigua Etiopía (la región que hoy llamamos Sudán). Las autoridades egipcias, bajo tutela británica, nombran gobernador en Sudán a Charles George Gord y como tal organiza la fundación de varias plazas militares a lo largo del Nilo y combate el tráfico de esclavos, prohibido por Londres pero todavía vigente. Problemas de salud lo obligarán, en 1879, a abandonar el cargo y regresar a la patria.

Estalla en el Sudán una revuelta y Muhammed Ahmed toma, en la fecha, el título de el Mahdí (“guiado por Alá”), de tan gran resonancia en el Islam chií. Es un fundamentalista musulmán y un místico. Cree que los gobernantes islámicos de Egipto y Sudán son unos renegados, y que sólo él está destinado a enderezar la situación. Ante la gravedad de la misma, los británicos deciden enviar a Charles G.Gordon, quien ha ejercido ya el cargo de gobernador de Sudán de 1874 a 1879. Pero Muhammed asedia Jartum.

Gran Bretaña intenta hacer en Sudán, al sur de Egipto y que permanece bajo el control de este país, lo mismo que ha hecho es Egipto, pero no es así. En Sudán está haciéndose con el poder Muharnmad Ahmad ibn Abd Allah. Es un fundamentalista musulmán y un místico. Cree que los gobernantes islámicos de Egipto y Sudán son unos renegados, y que sólo él está destinado a enderezar la situación. Así lo anuncia en marzo de 1881, y el 18 de junio se proclama “al Mahdi” (“el que es guiado por Dios”). El Mahdi reúne un ejército musulmán en torno a sí, como en los primeros días de la expansión del Islam doce siglos antes, y arrasa con todo, presa de un estado de exaltación religiosa. Vence a egipcios y británicos hasta el punto de que éstos se ven obligados a ordenar la evacuación del Sudán el 6 de enero de 1884. Pero el triunfo del Mahdi es efímero. Morirá, posiblemente de tifus, el 22 de junio de 1885, cinco meses después de apoderarse de Jartum. Sus seguidores conservarán el dominio del Sudán, y el mahdismo continuará siendo una secta musulmana.

Muhammad toma, en la fecha, la ciudad de Jartum, operación en la que el gobernador Gordon pierde la vida. A partir de este momento, queda constituido un reino mahdista en el Sudán, que durará trece años, hasta 1899.

Las tropas leales al Mahdi Muhammad Ahmad del Sudán sitiarán Jartum (En manos egipcias-inglesas) el 13 de marzo de 1884 contra los defensores dirigidos por el general británico Charles George Gordon. La ciudad caerá ante los partidarios del Mahdi el 26 de enero de 1885. Gracias a su superioridad numérica masacran a los ingleses que ocupaban la ciudad, incluido su comandante, el general Charles Gordon.