El recrudecimiento de las migraciones hacia Honduras durante los años 60 da lugar a diversos incidentes entre ambos países. En estos incidentes, sin embargo, parece que está presente la mano y los intereses de industriales hondureños. La intervención de la OEA puede calmar la situación y buscar una solución pacifica al conflicto. Se ha querido ver a esta guerra como una causa de la crisis del Mercado Común Centroamericano, cuando más bien es una consecuencia de ella. Dicho mercado fue creado gracias a la cooperación de las burguesías de Guatemala y El Salvador, las repúblicas más ricas de la zona, en 1960. Los salvadoreños se hicieron con gran parte del mercado hondureño, dando lugar a una » contraofensiva » del país vecino: expulsión de los emigrantes procedentes de El Salvador.

Con el beneplácito de los americanos se produce en El Salvador un golpe de estado por una Junta Militar. (Crisis del algodón). Toma, pues, el poder una Junta cívico-militar de tendencia liberal, encabezada por Yañez.

Derrocamiento de la Junta militar por otra de tendencia opuesta presidida por Aníbal Portillo. Se producen elecciones en este mismo año. El triunfo es para el Partido de Conciliación Nacional (gubernamental) que designa como presidente a Eusebio Rodolfo Cordón.

El 29 de abril se promulga en El Salvador un nueva Constitución.

Se inicia en El Salvador un régimen de sucesivas presidencias militares que, en defensa de los intereses de las empresas exportadoras de café, propicia, con la constante represión de la oposición legal, el progresivo aislamiento de ésta, y el nacimiento y desarrollo de la lucha clandestina. En las elecciones de febrero de este año el triunfo final es para Julio Adalberto Rivera (1962-1967)

Aparición en El Salvador, del Frente de Liberación Popular (ultra izquierdista) y de la Unión Guerrera Blanca (ultraderechista)

Es elegido presidente de El Salvador, Fidel Sánchez Hernández (1-7-1967/1-7-1972)

En 1969, Honduras afronta la invasión de territorio hondureño por tropas salvadoreñas. La confrontación armada es bautizada como la «guerra del fútbol» debido a que se produce 16 días
después de un choque de las selecciones de los dos países vecinos rumbo al Mundial de México 1970.

En julio de este año muchos de los inmigrantes salvadoreños asentados en la más grande Honduras huyen a su país a consecuencia de la persecución sufrida por la actuación de la llamada Mancha Brava, un movimiento paramilitar que los amedrenta, tolerado por las autoridades y azuzado por la prensa y radio hondureñas. El presidente de El Salvador reclama una reacción de su vecino, pero el Gobierno de Tegucigalpa responde denunciando los maltratos recibidos por los hondureños en El Salvador y refiriéndose al hostigamiento de que ha sido objeto su selección de fútbol en un reciente partido en San Salvador. Ante esta respuesta, el presidente salvadoreño decide llevar a cabo un ataque militar y ocupa varias localidades hondureñas. El enfrentamiento -«Guerra del fútbol»- durará trece días y tendrá un saldo de 2.000 bajas de ambos países, entre muertos, heridos y desaparecidos. La intervención de la OEA hará posible su pronta finalización.

En 1970 se crean en El Salvador, las Fuerzas Populares de Liberación (FPL – Farabundo Martí -) Esta organización y las que se fueron creando en años sucesivos, se caracterizaron por desarrollar una estrategia de lucha armada basada en la formación de grupos guerrilleros urbanos, suburbanos y rurales, combinada con una de ampliación de su influencia y organización en los movimientos sociales de la época.