En 1648, FERNANDO III se casa con su segunda esposa María Leopoldina de Habsburgo-Médicis, Archiduquesa de Austria. Ella es una hija de Leopoldo V, Archiduque de Austria y Claudia de Médicis. Ellos son primos segundos como los nietos por la línea masculina de Carlos II de Estiria, Archiduque de Austria y María Ana de Baviera. Tendrá un solo hijo:
