A mediados de siglo XIX, se produce una grave crisis del carlismo. A pesar de las derrotas militares, el carlismo mantiene una actitud beligerante que le lleva a intentar varios pronunciamientos. En 1855 se arman algunas partidas que son rápidamente derrotadas. En abril de 1860, con el ejército movilizado por la intervención en el África promovida por la Unión Liberal, una expedición carlista procedente de Mallorca desembarca en Sant Carles de la Ràpita. Encabezada por Jaime Ortega y Olleta y con el pretendiente conde de Montemolín (Carlos VI) y su hermano, el destacamento es reducido rápidamente por las tropas isabelinas. La represión es durísima: Ortega es fusilado y los príncipes, obligados a renunciar a sus derechos dinásticos a cambio de la libertad. De hecho, la trayectoria del carlismo durante la segunda mitad de siglo queda condicionado por la financiación del estado liberal. Los alzamientos carlistas se producen sólo cuando el estado pasa alguna situación de crisis. A pesar de todo, la persistencia insurreccional buscará lentamente un espacio político de acción civil.

Fallece en Trieste CARLOS VI, conde de Montemolín en circunstancias misteriosas. El partido carlista entra en crisis. La sucesión pasa a su hermano Juan -JUAN III (1861-1868)-. Éste, con su actitud conciliadora respecto a ISABEL II, dejará el carlismo sin jefe ni guía.