En Portugal, Pombal expulsa al nuncio apostólico y controla la Inquisición portuguesa, a la que entrega a Malagrida, que es ejecutado. Pombal consigue que el monarca de poderes al metropolitano de Lisboa para que confirme y consagre a los obispos sin tener en cuenta al Papa. A partir de estos momentos se persigue todo lo que huela a jesuitismo. Cuando más adelante el Papa intente reconciliarse con Portugal, obtendrá la respuesta de que las relaciones se recuperarán cuando se suprima la Compañía en todo el orbe. Pombal mientras tanto promueve la publicación de obras regalistas. La Universidad de Coimbra se abre a las ideas enciclopedistas.

En 1761, el Marqués de Pombal elimina la esclavitud en Portugal (no en Brasil).

A la muerte de José I, le sucede su hija Dª. MARÍA I de Portugal, la Piadosa, (1777-1816) I. Está casada con su tío Pedro III -que toma el título de rey consorte- hijo de Juan V. MARÍA I da un giro a la situación: la nobleza más reaccionaria de Portugal pide la rehabilitación de la casa de Tavora, lo que se conseguirá en 1781. Las cárceles se abren y se da libertad a los inculpados en 1759. Pombal cae en desgracia y es desterrado, aunque no se puede impedir la difusión de las ideas revolucionarias, introducidas por los comerciantes extranjeros. En 1782, morirá ante la consternación de los personajes ilustrados de Europa.