FEDERICO II para mostrar al mundo entero que el Papa GREGORIO IX se ha equivocado con él, emprende, en la fecha, la sexta Cruzada, excomulgado y todo… y aunque la cruzada ha de favorecer los intereses del papado, su encarnizado rival, pero en modo alguno los suyos. Pero la excomunión es un arma terrible en manos de los papas. GREGORIO IX no responde con la absolución de FEDERICO, sino que declara que las acciones del emperador en Tierra Santa no pueden calificarse como guerra santa al continuar excomulgado, y procede a liberar a los cruzados del voto de obediencia al emperador, quien se ve obligado a regresar al conocer que el Papa, junto a la Liga Lombarda, está invadiendo su reino de Sicilia.
SEXTA CRUZADA (1228-1229)
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FEDERICO II en vez de entrar en combate prefiere negociar con el enemigo. El pueblo cristiano se indigna.
Pero la sexta Cruzada (1228-1229) no fue tal. FEDERICO II como no experimentaba el sacrosanto impulso de aniquilar al infiel, no sabe como entrar en combate, así que prefiere negociar con el enemigo. Así lo hace y el simple despliegue de su ejército atemoriza al sultán Al Kamil de El Cairo, que cede los principales santuarios y ciudades de Tierra Santa -Jerusalén, Belén y Nazaret y las ciudades sirias de Tiro y Sidón- a la cristiandad, así como un corredor hasta la costa. FEDERICO II le persuade asimismo de que formule una promesa de paz lo que consigue mediante una tregua de diez años. Este extraño pacto suscita grave indignación entre los pueblos cristianos. Por otro lado este acuerdo no prevalecerá y continuarán las luchas entre los cristianos y el islam turco.
FEDERICO II es coronado, sin ningún tipo de ceremonia religiosa, rey de Jerusalén.
FEDERICO II, aprovecha la ocasión y se casa en segundas nupcias con Violante (Yolanda), la joven hija del rey titular de Jerusalén, Juan de Brienne, lo que, al producirse el fallecimiento de éste, en la fecha, le permite ser coronado -sin ningún tipo de ceremonia religiosa- rey de Jerusalén, en la basílica del Santo Sepulcro. (Desde entonces, uno de los títulos del emperador alemán y del emperador de Austria hasta 1918).