El levantamiento agermanado ha traído consigo unos años de fuerte inestabilidad social y política, muchas muertes en los campos de batalla, una persecución de los moriscos y una represión intermitente y duradera, factores que causarán grandes perturbaciones en la organización social valenciana. Parecidas consecuencias se dejarán sentir en las vecinas islas Baleares al extenderse la rebelión antiseñorial y contra la oligarquía municipal por tierras mallorquinas. Las luchas sociales son allí todavía más intensas, al igual que lo será la represión contra los sublevados una vez que se ponga fin a la revuelta por las tropas reales y las fuerzas nobiliarias. Se termina así el período revolucionario que ha sacudido a los reinos hispanos en los años iniciales del reinado de Carlos I.

A continuación se abre una nueva y larga etapa que se caracterizará por la ausencia de conflictos significativos en el interior del territorio peninsular hispano. Asentada la Monarquía de tendencia absolutista, confirmado el predominio de la nobleza, encauzadas las reivindicaciones urbanas y de los grupos burgueses y sometido el campesinado, los años venideros contemplarán una situación de orden, paz y estabilidad que permitirá volcar hacia el exterior todo el dinamismo de que es capaz la España de los primeros tiempos modernos.

Aunque habitualmente se considera que en Valencia la Guerra de las Germanías ha sido el origen de la decadencia del territorio, hay que tener en cuenta que sus efectos son sólo temporales. Además, la economía valenciana se beneficia también de la reactivación del tráfico mediterráneo del último tercio del siglo XVI como consecuencia de la crisis del comercio castellano con el norte de Europa. Realmente, las consecuencias más importantes son de carácter político, ya que la orientación antiseñorial que la revuelta adquiere intensifica la vinculación de la nobleza valenciana con la nueva dinastía. La monarquía prosigue la línea política que ya ha emprendido Fernando el Católico, quien crea en la Corte el Consejo de Aragón para canalizar los asuntos de estos territorios; introduce en ellos el tribunal de la inquisición, que asume funciones de marcado contenido político, y establece el binomio Virrey-Audiencia como principales instituciones delegadas del poder monárquico en cada uno de los estados de la Corona de Aragón.