Finalmente, el 16 de septiembre, en Argentina, la oposición combinada de la Iglesia, un vasto sector militar y los EEUU. generan una rebelión concertada, llamada la “Revolución Libertadora”, una serie de enfrentamientos que durarán tres días y en los que mueren unas 4.000 personas, lo que provoca la dimisión de Perón el 19 de septiembre de 1955 y su huida y refugio en una cañonera paraguaya anclada en el puerto de Buenos Aires.

En Argentina, el 20 de septiembre, el líder de los insurgentes, el general de división Eduardo Lonardi, asume la presidencia provisional, prometiendo restablecer la democracia. Perón se marcha al exilio, primero a Paraguay y posteriormente a Venezuela, República Dominicana y España.

La Revolución Libertadora en Argentina, se extiende hasta 1958. Cuando en febrero de 1958 se celebran las elecciones presidenciales, Arturo Frondizi (1958-1964) jefe del partido Unión Cívica Radical Intransigente, obtiene la presidencia gracias al apoyo de los peronistas. En efecto, el líder radical ha hecho un pacto con Perón, por el cual se compromete a levantar las prohibiciones que están sufriendo los militantes peronistas y a permitir el regreso del general. El 1 de mayo de 1958 se restablecerá el Gobierno representativo.

La popularidad de Frondizi cae en picado durante 1961, cuando Perón, descontento con su gobierno, le retira su apoyo. Otro factor que debilita su imagen es la entrevista secreta con el Che Guevara. La política internacional fue decisiva en la caída del gobierno de Frondizi y uno de los aspectos más importantes de su presidencia: El plan para el desarrollo iberoamericano (denominado la Alianza para el Progreso) lanzado por el presidente de EEUU. John Fitzgerald KENNEDY y el problema respecto a las relaciones con Cuba. Cuando Guevara va a Punta del Este para la presentación del plan, viaja (supuestamente en secreto) a Buenos Aires para entrevistarse con Frondizi; al día siguiente todo el país se entera de esos hechos, despertando las reticencias en un sector del Ejército y la derecha.

El expresidente argentino Juan Domingo PERÓN regresa a Buenos Aires tras 17 años.

El Frejuli pronto muestra en Argentina las limitaciones de sus planes económicos y, sobre todo, una crisis ideológica contaminada por las luchas intestinas por el poder. El ala izquierdista del peronismo, que ha ganado amplios sectores medios de la sociedad, amenaza con desbordar los límites del populismo conservador del movimiento. Ello obliga al propio Perón y a la vieja guardia del partido a dar un golpe interno para frenar el “peligro comunista” que se cierne sobre la ortodoxia doctrinal y sobre el poder de la burocracia sindical. Un mes después del regreso de Perón a Argentina (20 de junio), el presidente Héctor Cámpora presenta su dimisión, y en las elecciones celebradas en la fecha, Perón es elegido de nuevo presidente con más del 61% de los votos. Su tercera esposa, María Estela Martínez de Perón (Isabel), asume el cargo de vicepresidenta ya que el elegir a un representante de cualquiera de las tres facciones peronistas como compañero de Perón hubiera provocado aún más divisiones. Se cumple así el sueño peronista de regreso del presidente, derrocado en 1955.

Perón, que estaba enfermo, fallece 11 meses después de asumir la presidencia: el 1 de julio de 1974. Le sucede en el cargo su tercera esposa María Estela Martínez de Perón, que hasta este momento ha sido vicepresidenta. Martínez de Perón es la primera mujer que ha llegado a la jefatura de Estado de un país iberoamericano contemporáneo. Durante su mandato (manejado totalmente por el peronista José López Rega), la situación política y económica se deteriorá. En efecto, el gobierno peronista, se ve impotente para frenar la espiral inflacionaria. En paralelo, se instalaba en el país la cultura de la violencia. La sociedad argentina se ve entonces sometida a la represión policial, a la acción terrorista de las bandas parapoliciales y paramilitares de derechas y a la actividad de los grupos guerrilleros de la izquierda revolucionaria, cuyo soporte social no tardará en demostrarse minoritario.

Con la complicidad de las cúpulas sindical y eclesiástica y de sectores del alto empresariado, y con la callada aceptación de amplias capas de la sociedad, las Fuerzas Armadas derrocan en Argentina a la viuda de Perón y abren la etapa más siniestra de la historia argentina del siglo XX. Una Junta Militar dirigida por el comandante en jefe del Ejército, teniente general Jorge Rafael Videla, toma el poder el 24 de marzo de 1976, disuelve el Congreso, impone la ley marcial y gobierna por decreto. Es abolida de nuevo la Constitución de 1853. La dictadura militar se alargará hasta 1983 y durante este período se calculará que han desaparecido unas 30.000 personas.

De la actividad del gobierno peronista entre 1945 y 1950 a favor de los refugiados nazis aún quedan muchas evidencias, a pesar de la “limpieza” que el propio PERÓN efectuó en sus archivos antes de su caída en 1955. Por eso, cuarenta años más tarde, en 1996, bajo el Gobierno del peronista Carlos MENEM, se queman grandes cantidades de expedientes de la Dirección General de Migraciones correspondientes a la época de Perón.