El 24 de marzo de 1438, se cita a EUGENIO IV ante el Concilio para que responda a una larga serie de acusaciones; también se acusa de abierta desobediencia a todos cuantos permanecen junto al Papa, haciéndoles las más severas advertencias. A pesar de la dureza de las amenazas, se hará cada vez más evidente el aislamiento de la asamblea de Basilea y el reforzamiento de EUGENIO.

Se dan también algunos intentos de reconciliación, en particular a cargo de Segismundo y de los electores alemanes, pero son vanos. El Concilio de Ferrara abre sus sesiones el 8 de octubre de 1438, como segunda parte del Concilio ecuménico XVII. El número de asistentes al Concilio de Ferrara es ya muy superior al de Basilea y poco a poco las conclusiones del de Basilea van quedando desautorizadas. Por otra parte se considera la unión de los cismáticos griegos a la Iglesia Católica Romana.

En enero de 1439 será presentado un documento, por iniciativa conjunta de las naciones que apoyan al papa EUGENIO a fin de salir de aquella situación. En abril, durante la dieta imperial en Maguncia, con la asistencia de embajadores de Alemania, Francia, Castilla y Portugal a los que se han añadido los de Aragón y el ducado de Milán, se debatirá y aprobará aquel proyecto que será elevado al Concilio de Basilea como iniciativa conjunta de esas naciones. La respuesta conciliar será negativa. Esta decisión conciliar provocará una respuesta conjunta de todos los embajadores rechazando los argumentos conciliares y advirtiendo que se ha llegado al punto final y que los reyes a quienes representan actuarán en conciencia. El Concilio de Basilea acabará desvaneciéndose.

Sigue el Concilio ecuménico XVII en su última etapa, en Roma después de Florencia. Continúa la obra empezada en Florencia de unión con los orientales. El Papa EUGENIO IV confirmará todo el trabajo realizado.