En Honduras, el 27 de enero de 2006 Manuel Zelaya Rosales sucede en el cargo presidencial a Ricardo Maduro después de haber ganado, contra pronóstico, las elecciones de 2005. Antes de tomar posesión exige al congreso nacional que se apruebe la ley de participación ciudadana. En consecuencia, se aprueba la ley el mismo día de la toma de posesión de Manuel Zelaya. Esta ley sigue los lineamientos del liberalismo, donde se cree que el pueblo debe participar en la toma de decisiones, a diferencia del conservadurismo, donde se cree que el pueblo no tiene la capacidad para gobernarse.

A pesar de todos los problemas a los que ha tenido que enfrentar durante su primer año de gobierno, Manuel Zelaya se muestra satisfecho con los avances de su administración en el campo de la economía. “El 2006 lo estamos cerrando con mejores indicadores que el 2005, 2004 y 2003”, dijo el presidente a la prensa. Y añadió “hay una estabilidad de precios que nos está permitiendo cerrar el año con el más bajo nivel de inflación registrado en los últimos 16 años”. La CEPAL (Comisión Económica para América Latina y el Caribe) de este año, coloca a Honduras en uno de los primeros lugares de crecimiento económico de la región centroamericana.

Para finales de 2007, Manuel Zelaya, presidente de Honduras, da un giro diplomático al aproximarse a los gobiernos de tendencias socialistas del nicaragüense Daniel Ortega y el venezolano Hugo Chávez Frías, mostrando su interés de integrar su país al ALBA (Alianza Bolivariana para las Americas). Por otra parte, en la fecha, visita Cuba, primer viaje oficial de un presidente hondureño a la isla en 46 años.

Zelaya, presidente de Honduras, se acerca a Venezuela con el objetivo de suscribirse a Petrocaribe. De esta manera Honduras puede comprar carburantes a crédito, con el pago del 60% en tres meses y la otra parte pagada en 25 años con el 1% de interés, con la oportunidad de invertir una parte del capital ahorrado en proyectos de inversión social. Inicialmente, algunos sectores políticos hondureños se oponen alegando un posible endeudamiento del país y la amenaza de corrupción en el manejo del fondo mencionado. El Congreso -en la fecha- aprueba el ingreso a Petrocaribe. Por otra parte, en 2008, Honduras se une a la Alternativa Bolivariana para las Américas (Alba-TCP), liderada por Hugo Chávez. De hecho, dos son los bloques comerciales que compiten por Centroamérica: el Alba-TCP, Alianza Bolivariana para los Pueblos de Muestra América. Tratado de Comercio de los Pueblos (Venezuela, Ecuador, Bolivia, Paraguay, Cuba y otros pequeños estados) y el CAFTA, tratado de Libre Comercio entre la República Dominicana, Centroamérica y EEUU. de América (EEUU., Guatemala, El Salvador, Costa Rica, Rep. Dominicana). Honduras y Nicaragua se encuentran en los dos bloques.

A mediados del 2009, Zelaya, presidente de Honduras, empieza a promocionar un plebiscito para levantar los límites al período presidencial. El Tribunal Supremo Electoral, la Fiscalía General, la Corte Suprema de Justicia y el Congreso de la República han declarado ilegal esta consulta. El propio partido de Zelaya, el Partido Liberal de Honduras, también se ha opuesto al Presidente. El 24 de junio, Zelaya anuncia que destituía al General Romeo Vásquez Velásquez, Jefe del Estado Mayor Conjunto hondureño, luego de que éste se negara a distribuir las tarjetas de votación de la problemática consulta. Poco después, el Ministro de Defensa y los Jefes de las tres ramas de las Fuerzas Armadas de Honduras renuncian. Sin embargo, la Corte Suprema vota de manera unánime en contra de la medida y ordena que el General permanezca en su cargo. En una entrevista a CNN, Zelaya declara que en realidad no había destituído al General, solamente lo había anunciado.

El 28 de junio de 2009, día en que se prevé celebrar la consulta popular, Zelaya es arrestado en el Palacio de Gobierno por un grupo de militares, cumpliendo con lo ordenado por el Tribunal Supremo del país. El día anterior el Congreso hondureño ha abierto una investigación para determinar si ha violado la Constitución y si goza de “estabilidad mental”. Zelaya responde calificando de arbitraria esta investigación y amenazando al Presidente del Congreso, Roberto Micheletti, de destituirlo con un decreto presidencial. El presidente es detenido y expulsado del país.

El presidente de Honduras, tras ser detenido y expulsado del país por los golpistas, en la actualidad se encuentra en Nicaragua, donde ha llegado desde Costa Rica. Barack Obama califica el golpe de “ilegal”, “sienta un precedente terrible”. Asimismo, mañana, la Asamblea General de la ONU pedirá a sus miembros que no reconozcan al nuevo gobierno.

El ejército de Honduras impide que Zelaya -el presidente expulsado- aterrice en un avión venezolano. Honduras es suspendida como miembro de la OEA.

Washington suspende la ayuda militar a Honduras. Posteriormente suspenderá otras ayudas.

Desde la fecha, el depuesto presidente de Honduras, Zelaya, se encuentra en la embajada del Brasil en Tegucigalpa