Debido a la ideología pro saharaui de la joven Aminatu Haidar, ha sido perseguida y reprimida por los poderes públicos marroquíes en numerosas ocasiones. En 1987, con 21 años, forma parte de una manifestación pacífica formada por 700 participantes que exigen el referéndum de independencia del Sahara (Sahara Occidental) frente a Marruecos. Tras estas actividades es presa sin cargos ni juicio en las conocidas como “cárceles secretas” durante 4 años. Allí, sufrirá torturas junto a otras 9 mujeres y 50 hombres, saharauis presos.

En 2005 Aminatu Haidar es condenada por la justicia marroquí a la estancia de 7 meses en el centro penitenciario conocido como “Prisión Negra” de El Aaiún. El proceso del juicio debido a irregularidades, es denunciado por un observador enviado al efecto por Amnistía Internacional. Dicha organización ha calificado que Haidar se trata de una preso de conciencia. También miembros del Parlamento Europeo emprenden una campaña internacional por la liberación de Aminetu Haidar, la cual se exige formalmente mediante resolución de dicho parlamento.

Tras más de un mes en prisión, Aminatu Haidar es liberada en enero de 2006. Su puesta en libertad reaviva las revindicaciones de independencia de los saharauis, que se manifiestan en forma de manifestaciones en las calles de El Aaiún y protestas de los estudiantes saharauis de la Universidad de Marrakech. Tras la gran dimensión mediática de su irregular aprisionamiento, y el importante apoyo que obtiene por asociaciones y políticos occidentales logran la expatriación de Haidar con el fin de erigirse en embajadora itinerante de la República Árabe Saharaui Democrática en contacto con gobiernos extranjeros y asociaciones pro saharauis.

En agosto de 2006 Marruecos deniega a Aminatu Haidar el pasaporte y el derecho de expatriación de sus dos hijos como medida de presión por su actuación a favor de la independencia de Sahara occidental.

Aminatu Haidar es galardonada a finales de octubre de 2009 con el Premio al coraje civil de la Train Foundation, prestigioso premio estadounidense otorgado anteriormente a personalidades como la rusa Anna Politkóvskaya, asesinada por defender los derechos humanos en su país. Por otra parte, Aminatu Haidar ya ha sido premiada en distinats ocasiones: La Fundación Robert F. Kennedy premió a Aminatu Haidar por su labor a favor de los Derechos Humanos, galardón que fue entregado en el Senado de los Estados Unidos (1998). Premio de Derechos Humanos Juan María Bandrés (2006). Solidar Silver Rose Award (2007). Premio de Derechos Humanos Robert F. Kennedy (2008).

El 13 de noviembre de 2009, tras la llegada de Aminatu Haidar a El Aaiún procedente de Nueva York en un vuelo con escala en Madrid y Las Palmas de Gran Canaria, es detenida ilegalmente por los cuerpos policiales marroquíes. La causa de la detención según las versiones marroquíes, se trata de una “cuestión de honor”, debido a que la activista, ha escrito en el trámite administrativo de acceso al país, en la casilla de la nacionalidad, Sáhara Occidental en lugar de Marruecos. La detención, dura un día en las dependencias del Aeropuerto Hassan I de El Aaiún, Sáhara Occidental. Allí se la somete a dos interrogatorios.

La policía marroquí embarca a la activista Aminatu Haidar que ha detenido el día anterior en El Aaiún, a una aeronave con su equipaje pero requisándole sus teléfonos móviles y su pasaporte. Los agentes marroquíes le informan que va a ser expulsada a España, pero no se le comunica el destino concreto. Durante el vuelo, el piloto comunica que van a tomar tierra en la isla de Lanzarote, Canarias, España. Esto sorprende a la saharaui debido a que no posee arraigo de ningún tipo con dicho lugar. Tras su aterrizaje permanece en la Terminal 1 del Aeropuerto de Lanzarote donde inicia, el día 15, una huelga alimenticia, ingiriendo únicamente agua y azúcar. Su establecimiento en el aeropuerto responde a una medida de presión, acusando al Gobierno español de inhibirse en el asunto y actuar en connivencia con el Gobierno marroquí.[

En su segunda semana en el aeropuerto conejero, el Ministerio de Exteriores español envía como emisario a su director de gabinete, Agustín Santos, el cual le propone a Haidar tres opciones por parte del gobierno español: asilo político, solicitar un nuevo pasaporte o adquirir la nacionalidad española. Ninguna de las tres propuestas es aceptada por la activista. Rechaza las opciones de asilo político o la adquisición de la nacionalidad española, porque ella es saharaui y aceptar esas propuestas implicaría no poder volver a su tierra natal. No quiere pedir un nuevo pasaporte porque ya tiene uno, que se lo han requisados las fuerzas de seguridad del estado marroquies, además, solicitar uno nuevo, podría implicar meses de espera o el rechazo de su propuesta. Mientras tanto, Aminatu Haidar recibe la visita de diversos políticos españoles y extranjeros

La ONU, insta a Marruecos a respetar los Derechos Humanos y a dejar regresar a Aminatu a El Aaiún. Cuando se cumple el día 25 desde que la activista ha comenzado su huelga, la Unión Europea presiona a Marruecos exigiéndole que respete los Derechos Humanos y que busque una solución al problema. Con este fin, la secretaria de Estado de EEUU. Hillary Clinton mantiene hoy “conversaciones” con el Gobierno marroquí. También, por otra parte, se ha desestimado por parte del Gobierno, el que su Majestad Juan Carlos I intervenga directamente en esta cuestión.

El presidente de la autoproclamada República Árabe Saharaui Democrática (RASD) y secretario general del Frente Polisario, Mohamed Abdelaziz, remite una carta al Papa Benedicto XVI en la que solicita al Pontífice que intervenga “con urgencia” y contribuya a resolver “la grave situación” en la que se encuentra Aminatu Haidar.