En Valencia, el rey intenta revocar su anterior autorización de uso de armas excitando los ánimos populares. En la fecha, cuando CARLOS I ya se ha trasladado a Alemania, el Consejo de Regencia manda al virrey don Diego Hurtado de Mendoza para restablecer la normalidad en Valencia, pero los agermanados lo echan de la capital y se hacen dueños de la situación. Las tropas realistas forman dos focos de resistencia: uno, al Norte, capitaneado por Alonso de Aragón, duque de Segorbe; otro, al Sur dirigido por el propio virrey. La sublevación se extiende por todo el reino dando inicio a la guerra de las Germanías (1520-1523).

La Junta de los 13 intenta instaurar un sistema en el que esté prohibido el trabajo libre no controlado por los gremios. Al principio, su líder es el moderado Joan Llorenç, pero éste muere en junio de 1520, con lo que entran en juego los grupos más radicales, liderados por el terciopelero Vicente Peris. En consecuencia, el movimiento sufre una radicalización progresiva, convirtiéndose en una guerra abierta y con episodios como el asalto e incendio de la morería de Valencia, a la que se acusa de colaborar con los nobles. Por otra parte, la rebelión antinobiliaria se extiende a la huerta, con saqueo de tierras y haciendas de los nobles, y a otras poblaciones y núcleos urbanos del reino, constituyéndose juntas revolucionarias.

A pesar de alguna victoria importante por parte del movimiento de las Germanías en Valencia, éste, en la fecha, es vencido. En efecto, el 3 de marzo de 1522 entran definitivamente las tropas reales en Valencia, realizándose la ejecución del radical Vicente Peris -líder de los revolucionarios- y sus más directos colaboradores. Únicamente Játiva y Alcira quedan bajo dominio agermanado, produciéndose un rebrote de la rebelión, esta vez acaudillada por un misterioso personaje conocido por «El Encubierto», un impostor que se hace pasar por el infante Juan, hijo de los Reyes Católicos.

Hasta el fin de la Guerra de las Germanías el predominio del catalán dentro del reino de Valencia no ha sido cuestionado. A partir de esta fecha, la situación cambiará radicalmente y el catalán será reemplazado por el castellano como lengua literaria. Aunque las instituciones forales todavía continuarán usando el catalán, se irá gestando durante los dos siglos siguientes el proceso de castellanización de la sociedad valenciana, acentuando el final de la independencia política de la Corona de Aragón con el cambio de lengua de las más altas instancias (Consejo de Aragón, Virreyes, Inquisición) hechos que además propiciarán la fragmentación dialectal del catalán.

Tras el asesinato en Burjassot de «El encubierto» el 19 de mayo de 1522 por dos seguidores suyos para cobrar la recompensa ofrecida por el virrey, y la caída de Játiva y Alcira, se produce la derrota definitiva de los «agermanats», nombrándose virrey de Valencia a  la viuda Germana de Foix, segunda esposa de  Fernando El Católico (fallecido en 1516) y que se había casado de nuevo esta vez con el duque de Calabria. Germana organizó una una brillante corte en Valencia al tiempo que firmaba sentencias de muerte (se mencionan 800 en varios años). Según otras fuentes, las represalias consistieron en confiscaciones y multas, sobre todo a las organizaciones gremiales, produciéndose escasos casos de pena de muerte.

Se nombra virreina de Valencia a Germana de Foix, la cual gobernará duramente hasta su muerte en 1538 organizando junto con su esposo, el duque de Calabria, una pequeña aunque brillante corte.

El levantamiento agermanado ha traído consigo unos años de fuerte inestabilidad social y política, muchas muertes en los campos de batalla, una persecución de los moriscos y una represión intermitente y duradera, factores que causarán grandes perturbaciones en la organización social valenciana. Parecidas consecuencias se dejarán sentir en las vecinas islas Baleares al extenderse la rebelión antiseñorial y contra la oligarquía municipal por tierras mallorquinas. Las luchas sociales son allí todavía más intensas, al igual que lo será la represión contra los sublevados una vez que se ponga fin a la revuelta por las tropas reales y las fuerzas nobiliarias. Se termina así el período revolucionario que ha sacudido a los reinos hispanos en los años iniciales del reinado de Carlos I.

A continuación se abre una nueva y larga etapa que se caracterizará por la ausencia de conflictos significativos en el interior del territorio peninsular hispano. Asentada la Monarquía de tendencia absolutista, confirmado el predominio de la nobleza, encauzadas las reivindicaciones urbanas y de los grupos burgueses y sometido el campesinado, los años venideros contemplarán una situación de orden, paz y estabilidad que permitirá volcar hacia el exterior todo el dinamismo de que es capaz la España de los primeros tiempos modernos.

La pacificación efectiva del territorio no se produce hasta mayo de 1528, fecha en que el rey otorga un perdón general. Fecha muy tardía si se tiene en cuenta lo lejos que quedaba ya la derrota de los amotinados. Al igual que ha ocurrido en Castilla con los comuneros, las aspiraciones de los «agermanats» (agermanados) valencianos, que son en su gran mayoría maestros artesanos y labradores, no se ven cumplidas, volviéndose al anterior estado de cosas. También en el Reino de Valencia queda afirmada la autoridad real, esta vez por medio del virrey, y robustecido el poder de la nobleza.

Finalmente, el rey CARLOS I cumple la legalidad foral y antes de ir a las Cortes Generales de Monzón, convocadas para el 1 de junio de 1528, pasa por Valencia y jura sus fueros el 16 de mayo de dicho año. Tras este largo proceso que dura cuatro años (sin contar la jura en Valencia), CARLOS se convierte en el primer monarca en ostentar las Coronas de Castilla, Aragón y Navarra.