Ciertas anomalías ocurridas a la muerte del Maestro General de la Orden de Santo Domingo, el español Baltasar de Quiñones, suscitan fuertes protestas por parte de un grupo numeroso de dominicos españoles, logrando del débil CARLOS IV que solicite de PÍO VII el nombramiento de un General español para los súbditos de la Corona. El Papa no se atreve a tanto, pero se manifiesta dispuesto a conceder lo que ha concedido a los franciscanos, y así con fecha 15-3-1805, mediante la bula “Inter graviores”, nombra un Vicario General para la Orden en España. Siendo numerosísimos los dominicos españoles, la Orden queda, de hecho, bajo dos cabezas, que sin alcanzar el cisma, resultará de muy graves consecuencias.

Las aspiraciones del nuevo emperador son demasiado ambiciosas como para supeditarlas a una buena armonía con el príncipe de la iglesia, por lo que la aparente avenencia entre ellos fenece tan pronto como la rígida postura papal supone un estorbo en la estrategia imperial del NAPOLEÓN Bonaparte. Es, de un lado, la negativa de PÍO VII en 1806 a sumarse al bloqueo contra Inglaterra que NAPOLEÓN quiere imponer a las naciones continentales y, de otro, la resistencia del papa ante la permanente tentativa del emperador de controlar la iglesia francesa lo que provocará la violenta reacción de éste.

Pronto el papa PÍO VII supone un estorbo en los planes del emperador NAPOLEÓN Bonaparte, quien en 1808 invade y ocupa Roma, obligando a las tropas del Papa a unirse a las suyas propias.

En la fecha, NAPOLEÓN incorpora los Estados Pontificios a Francia, Roma incluida. El Papa, entonces, responde con la bula de excomunión “Quum memoranda”. NAPOLEÓN, ni corto ni perezoso, invade el Vaticano y apresa a PÍO VII. En un carruaje con las ventanillas cerradas y tapadas, se lo lleva, atravesando los Alpes a Grenoble, después a Aviñón y por último a Savona. Los cardenales, por su parte, son obligados a trasladarse a París, para vigilarles de cerca. Prisionero en Savona, PÍO VII se mantiene firme como una roca. Se niega a aceptar una renta de dos millones de francos al año, lo que enfurece de tal forma a Napoleón que manda que le quiten todo, incluso los libros, el material de escritura y hasta el anillo.

Napoleón quiso aprovechar el cautiverio del Papa para arrancarle inauditas concesiones que constituían graves atentados a la independencia de la Iglesia del poder civil. Quería, además, que se estableciese su sede en París, haciendo de la capital imperial también la del Catolicismo. Pío VII se resistió a tales pretensiones, a pesar que se le quiso forzar alejando de él a todos los prelados fieles y secuestrando su correspondencia. Napoléon quiso forzar las cosas convocando un concilio en París, al que asistieron 95 entre cardenales y prelados, que, ante su sorpresa, se declararon incompetentes para suplir la autoridad pontificia. El 6 de octubre de 1811, después de tres meses de estériles sesiones, el concilio parisino fue disuelto por un enfurecido emperador.

El 27 de mayo de 1812, siguiendo órdenes de NAPOLEÓN antes de partir para la campaña de Rusia, se procede al traslado del Papa PÍO VII de Savona a Fontainebleau. La travesía de los Alpes casi le costará la vida, llegándosele a administrar la extremaunción y el viático.

PíO VII llega prisionero a Fontainebleau donde pasará el resto de su cautividad durante 19 meses, en el palacio renacentista de Francisco I.

PÍO VII llega más lejos en sus concesiones que ahora quedan reflejadas en el denominado Concordato de Fontainebleau (repudiado por el Papa dos años después).

Concordato de Fontainebleau. El 19 de enero de 1813, NAPOLEÓN se entrevista en Fontainebleau con Pío VII. Lo trata cordialmente, y logra convencerlo de la necesidad de un nuevo concordato con mayores concesiones a la potestad temporal. Obtiene la firma papal el 25 de enero y se apresura a publicar el nuevo acuerdo. El Pontífice es presa de grandes escrúpulos de conciencia, pero es confortado y tranquilizado por el cardenal Pacca (al que se ha autorizado a reunirse con Pío VII en vistas al concordato), que le asegura que podrá retractarse.

PÍO VII se retracta de los dicho y firmado con anterioridad en relación al Concordato de Fontainebleau, en carta a Napoléon (que se halla en Alemania) el 14 de marzo siguiente. Los consejeros de éste le insisten para que rompa definitivamente con Roma como Enrique VIII, pero no quiere hacerles caso.