Durante la guerra civil española (1936-1939) los grandes centros productivos agrícolas e industriales de El Prat son colectivizados mientras que La Seda, por tener capital extranjero, es intervenida. Las dos grandes fábricas serán dedicadas a la producción de material para el ejército. Por otra parte, a lo largo de los tres años que durará la Guerra, serán asesinadas, en El Prat, veintiuna personas.

El Prat es ocupado oficialmente a las ocho horas y cuarenta minutos por la División 105 de los ejércitos del general Franco. A partir del 1 de abril, fecha en la que finalizará el conflicto armado se iniciará una brutal represión contra los vencidos. Las consecuencias serán el exilio, el encarcelamiento y el fusilamiento, entre 1939 y 1943, de 13 personas de El Prat en el campo de la Bota.

Se procede en El Prat (Barcelona/España), a trasladar el Santísimo en procesión al local del Cine Moderno, situado en la plaça de la Vila, que queda habilitado como templo provisional. A finales de este mes, por iniciativa municipal, se constituye una Junta de Reconstrucció del Temple Parroquial.

Terminada la guerra civil española, se suprimen en El Prat los partidos políticos y los sindicatos y quedan prohibidas todas las actividades asociativas. Las entidades culturales y deportivas, que no han tenido un posicionamiento político republicano, una vez autorizadas por el Gobierno Civil reinician sus actividades, las nuevas tendrán que pasar estrictos filtros antes de ser legalizadas. La lucha obrera y política sigue desde la clandestinidad y habrá que esperar a la muerte del General Franco (1975) para la legalización de partidos y sindicatos.

En la fecha, se produce en la parroquia del Prat el relevo del estimado Mn Homs, por el nuevo párroco, el Dr Josep Farrés i Poch (Mn. Josep)

Después de la guerra civil española (1936-1939) habrán cinco industrias en el Prat: La Seda de Barcelona (959 trabajadores) que fabrica rayón, La Papelera Española (693 trabajadores), que fabrica papel y cartón, La Vidriería Jordi (72 trabajadores), una fábrica de vidrio y dos fábricas muy pequeñas, más bien talleres: Francisco Tous (9 trabajadores), que también hace papel y la fábrica de aceite Valentín Turú (3 trabajadores). Entre las cinco ocuparán a 1736 trabajadores, hombres y mujeres. Se produce en estos próximos años una convivencia entre una industria en expansión y una agricultura altamente productiva. El Prat cuenta con una población de 9.942 habitantes, resultado, en buena parte, de la primera ola migratoria.

En 1941 se inicia la construcción en El Prat del Aeropuerto Nacional, a partir de la expropiación de numerosos terrenos agrícolas y de la unificación de los tres aeródromos pratenses. Desde entonces, el aeropuerto será ampliado en varias ocasiones con las consiguientes nuevas expropiaciones.

A principios de los años cuarenta la fisonomía de El Prat ha cambiado de forma muy evidente. Sólo la calle de Ferran Puig continúa manteniendo su carácter tradicional, cada vez con más tiendas. En el resto de calles hay un claro dominio numérico de trabajadores industriales, mientras que la presencia de los trabajadores del campo se mantiene en las calles más viejos del núcleo urbano.

Se instala un nuevo puente provisional para el ferrocarril. La provisionalidad, sin embargo, se alargará hasta las obras de soterramiento de la vía en el año 2007.

En 1942 se iniciará en El Prat la construcción de los fundamentos de la nueva iglesia.