La cuestión colonial provoca fuertes debates políticos y sociales ante las demandas independentistas y descolonizadoras. El hecho es que en 1949 se reconoce la independencia de Indonesia, aunque por algún tiempo se mantiene con la exmetrópoli una especie de unión en algunas materias. En efecto, Holanda, presionada por EE UU., accede a la independencia
de Indonesia, proclamada cuatro años antes por Sukarno y Hasta, en plena ocupación japonesa. Sukarno será su primer presidente.

Timor Occidental se integra en Indonesia.

A mediados de los sesenta adquiere notoriedad el problema moluqueño, debido a que los sectores independentistas de las islas Molucas, que persiguen su separación de Indonesia, llevan a cabo acciones en la propia Holanda. (En 1978 toman la sede del gobierno provincial de Drenthe). Esta aspiración no tendrá éxito. Varios miles de moluqueños viven refugiados en Holanda, dispersos en varias ciudades o en campos de refugiados.

Golpe de Estado del general Suharto. Masacres

En Indonesia, Suharto, fiel a las potencias occidentales, derroca a Sukarno. Acabará con el poderoso Partido Comunista -matando a medio millón de militantes o simpatizantes- y evitará que Indonesia, integrante de los No Alineados, pueda inclinarse hacía la Unión Soviética.

Presionado y enfermo, el dirigente indonesio Sukarno cede sus últimos poderes.

Sukarno

El general Suharto asumirá «provisionalmente» la presidencia de la república de Indonesia.

Suharto en Indonesia es elegido formalmente para su primer mandato de cinco años como presidente. Designó directamente el 20% de la cámara de representantes. El partido Golkar se convierte en el único aceptable para los oficiales del gobierno. Indonesia también se convierte en uno de los miembros fundadores de la Asociación de Naciones del Sureste Asiático.

Suharto, presidente

Los países occidentales y Japón tienen otras razones para no desairar a Yakarta. En Timor Oriental existen yacimientos de petróleo que ahora explotan Australia e Indonesia y en otros puntos del archipiélago hay también petróleo y gas. Indonesia es, además, un país en desarrollo, rico en recursos naturales interesantes para las inversiones extranjeras y con mano de obra barata para las empresas. Finalmente, Occidente puede comprar materias primas y vender bienes manufacturados en un mercado de 200 millones de personas. Son un puñado de razones que explican la prudencia durante la última crisis. Timor Oriental no es el Kuwait o el Kosovo asiático. También China se ha mostrado moderada por la mano dura que emplea con sus propias minorías, tibetanos por ejemplo. Y pese a que últimamente el Papa ha denunciado la actuación de los paramilitares en Timor Oriental, en el pasado el Vaticano ha sido muy comedido, quizá porque en Indonesia los cristianos son una minoría. La Iglesia local, en cambio, ha combatido a los invasores.