Los países occidentales y Japón tienen otras razones para no desairar a Yakarta. En Timor Oriental existen yacimientos de petróleo que ahora explotan Australia e Indonesia y en otros puntos del archipiélago hay también petróleo y gas. Indonesia es, además, un país en desarrollo, rico en recursos naturales interesantes para las inversiones extranjeras y con mano de obra barata para las empresas. Finalmente, Occidente puede comprar materias primas y vender bienes manufacturados en un mercado de 200 millones de personas. Son un puñado de razones que explican la prudencia durante la última crisis. Timor Oriental no es el Kuwait o el Kosovo asiático. También China se ha mostrado moderada por la mano dura que emplea con sus propias minorías, tibetanos por ejemplo. Y pese a que últimamente el Papa ha denunciado la actuación de los paramilitares en Timor Oriental, en el pasado el Vaticano ha sido muy comedido, quizá porque en Indonesia los cristianos son una minoría. La Iglesia local, en cambio, ha combatido a los invasores.

Indonesia, en la fecha, se anexiona a Timor Oriental y lo convierte en su 27ª provincia. Las Naciones Unidas no reconocen la anexión. El Treftin organiza su guerrilla: el Falantil.

Para diezmar a la población timoresa el régimen ha utilizado la contracepción forzosa e incluso la esterilización, al tiempo que ha impulsado los asentamientos de campesinos procedentes de otras islas superpobladas. Asimismo, ha deportado a miles de timoreses. Con la indonesianización en la escuela y vida civil, Suharto y Habibie han intentado cortar las raíces culturales timoresas. El Ejército interviene regularmente en la represión de protestas pacíficas, como en la matanza en el cementerio de Santa Cruz en Dili, la capital de Timor, en 1991, en que disparó a una concentración de jóvenes desarmados, en la que murieron 271 manifestantes y 250 se dieron por desaparecidos. Condena general de la matanza en todo el mundo. Año tras año, Amnistía Internacional denuncia estas atrocidades, sin tener apenas eco. Han sido necesarias matanzas ante los ojos de la ONU para que se recuerde el genocidio timorés.

Portugal e Indonesia dialogan, bajo los auspicios de la ONU, sobre Timor Oriental. Suharto forma una comisión de derechos humanos.

La guerrilla timoresa intensifica sus actividades. Caos en Yakarta entre el 12 y el 21 de mayo, con un millar de muertos, sobre todo a causa de la represión militar. Los estudiantes ocupan el Parlamento y Suharto, en la fecha, dimite en favor del vicepresidente Yusuf Habibie, que retira tropas de Timor y libera presos políticos.

La caída de Suharto y la presión internacional hacen posible que Yakarta cambie su política con Timor Oriental. Indonesia propone una autonomía y abre la puerta a la independencia aceptando la posibilidad de un referéndum sobre Timor Oriental.

Indonesia coloca a Gusmao en arresto domiciliario.

Ante la pasividad de la tropas de Yakarta, paramilitares de la milicia proindonesia matan a 12 personas.

Portugal e Indonesia alcanzan un acuerdo, mediado por la ONU, para celebrar una consulta que permita a los timoreses decidir su futuro.

Megawati Sukarnoputri gana el día 7 de julio de 1999 las primeras elecciones en Indonesia en 30 años. En noviembre, el Parlamento debe nombrar presidente.