En El Salvador, la madrugada del 16 de noviembre de 1989, en plena ofensiva del insurgente Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, FMLN, varios soldados irrumpen en el campus de la Universidad Centroamericana José Simón Cañas (UCA) de El Salvador y matan a sangre fría a seis sacerdotes católicos de la orden jesuita y a dos trabajadoras de la residencia religiosa. Cinco de los jesuitas eran españoles. Entre ellos se encuentra Ignacio Ellakuría, rector de la UCA entonces, una de las voces más importantes de la corriente cristiana de la liberación en América Latina.

La Administración Bush opta por apoyar una solución negociada a la guerra en El Salvador dejando de lado el objetivo de alcanzar una victoria militar sobre la insurgencia. El gran escenario internacional del momento es el derrumbe de la Unión Soviética y el Campo Socialista, con lo cual, el conflicto salvadoreño pierde la relevancia que artificialmente ha tenido durante la década anterior, en la que los EEUU. lo había considerado como un punto crítico del enfrentamiento entre los Bloques ideológicos. Estos factores internacionales y el propio desarrollo del conflicto interno contribuyen a generar un amplio consenso internacional sobre la necesidad de apoyar una solución negociada a la guerra en El Salvador. Por otra parte, la presión de la sociedad salvadoreña en torno a la necesidad de la paz, debilita aceleradamente los factores materiales, humanos y morales que sostienen el enfrentamiento de las partes en conflicto. De esta manera, se dinamiza el proceso de negociación que es reiniciado en abril de 1990 con el Acuerdo de Ginebra, el cual establece los propósitos y el marco de la negociación política orientada a poner fin al conflicto armado, lograr la democratización, el respeto a los derechos humanos y la reconciliación de la sociedad salvadoreña.

Después de una década de conflicto armado, se activa realmente la dinámica de la solución política negociada y aunque el enfrentamiento continúa con igual e incluso mayor intensidad entre 1990 y 1991, las conversaciones de paz auspiciadas por el Secretario General de la ONU y “el grupo de países amigos” (México, Colombia, Venezuela y España) avanzan gradualmente.

Hasta esta fecha, se registran como hechos relevantes de la negociación para alcanzar la paz en El Salvador: el Acuerdo de Caracas (21 de mayo de 1990) sobre una agenda general y un calendario de negociación; el Acuerdo de San José (26 de julio de 1990) sobre derechos humanos, el cual incluye el establecimiento de una misión de verificación de las Naciones Unidas; la decisión del Secretario General de la ONU de establecer antes de la cesación del fuego el componente de verificación de derechos humanos de ONUSAL (marzo de 1991); el Acuerdo de México (27 de abril de 1991) sobre reformas constitucionales relativas a las Fuerzas Armadas, el sistema judicial, los derechos humanos y el sistema electoral; y el Acuerdo de Nueva York (25 de septiembre de 1991) que establece una “negociación comprimida” para los restantes temas, entre otros: seguridad pública, económicos y sociales, reinserción de combatientes. Después de dos años de intensa negociación, los Acuerdos definitivos fueron alcanzados en la sede de la ONU en Nueva York a la media noche del 31 de diciembre de 1991 cuando se firma entre el FMLN (Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional) y el gobierno salvadoreño un acuerdo que pone fin a once años de guerra civil con más de 50.000 muertos.

En 1992, se llega en El Salvador a un acuerdo de alto el fuego, con la garantía de la ONU y controlado por una comisión compuesta por miembros de las dos partes beligerantes, la Comisión Nacional por la Consolidación de la Paz (COPAZ). El ejército debe reducirse como mínimo a la mitad, en tanto que los rebeldes, cuya organización se ha reconvertido en un partido político, serán desarmados e integrados en la vida civil. El gobierno promete la creación de un cuerpo de policia nacional bajo mando civil, que podrá acoger también a los antiguos guerrilleros. Además, el tratado prevé reforzar el papel del parlamento en El Salvador y llevar a cabo una reforma jurídica y electoral, así como una redistribución de la propiedad agraria.

El histórico Acuerdo de Paz que pone fin a la guerra civil en El Salvador es firmado en el Castillo de Chapultepec, en la Ciudad de México el 16 de enero de 1992. El arduo y complejo camino de la negociación de los Acuerdos de Paz en El Salvador es el resultado de una histórica lucha por la democracia emprendida por diversas generaciones. Los Acuerdos de Paz en El Salvador, más allá de sus limitaciones, constituyen la más importante reforma política desde la Independencia Nacional (1821), los cuales sientan las bases para la construcción de una sociedad democrática.

El Tribunal Internacional de La Haya estima parte de las reclamaciones de Honduras contra El Salvador, adjudicando a la primera los dos tercios de los 420 km2 en disputa con la frontera entre ambos países. Ambos presidentes acatan el fallo.

La llamada “Comisión de la Verdad” auspiciada por la ONU, publica en 1993 un informe sobre las víctimas de la “guerra sucia” inculpando sobre todo al Ejército y la policia, pero la Asamblea legislativa aprueba, en la fecha, a propuesta de Cristiani, una “ley del perdón”.

En las elecciones de 1994, el candidato de ARENA, Armando Calderon Sol, gana las elecciones y el partido consigue la mayoría en la Asamblea Nacional.

En El Salvador, a consecuencia de su línea confrontativa y opuesta a la concertación, el FMLN ha experimentado tres grandes esciciones principales y algunas menores: la primera se produce en mayo de 1994, cuando Joaquín Villalobos, ex-comandante del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) y miembro fundador del FMLN, y otros diputados, algunos provenientes de las Fuerzas Armadas de la Resistencia Nacional (FARN), se desligan oficialmente de dicho partido y junto a otros diputados del Frente pasan a formar parte de la junta directiva de la Asamblea Legislativa, algo a lo cual se había opuesto el ala ortodoxa de dicho instituto político. Esta división al interior del FMLN, queda sellada cuando Joaquín Villalobos junto a la también diputada Ana Guadalupe Martínez y otros colegas más crean el Partido Demócrata (PD) y además acompañan en mayo de 1995 a ARENA, el partido gobernante, en la firma del documento conocido como Pacto de San Andrés, el cual incluía un paquete de medidas tributarias.