En 1844 Guatemala apoya la revolución salvadoreña del general Arce.

Una revuelta patriótica dirigida por Juan Pablo Duarte -reconocido padre de la Patria- en la parte oriental de San Salvador da paso a la segunda proclamación de independencia. En efecto, en la fecha, los cuarteles haitianos del Estado Independiente de Haití Español son asaltados y las tropas han de capitular.

VITERI, el primer Obispo de San Salvador apenas gobierna 2 años y 10 meses. Los enemigos le ponen en desacuerdo con el poder civil acusándole de rebeldía política y él, para evitar mayores males, tiene que retirarse a Nicaragua. Renuncia a la sede de San Salvador, acepta la de León y morirá poco después el 25 de julio de 1853.

El 8 de julio de 1848 el Papa Pío IX nombra segundo Obispo de San Salvador al Canónigo Deán Don Tomás Miguel Pineda y Saldaña, consagrado al año siguiente en Ocotepeque por Mons. Compoy y Pérez.

Nuevo intento fracasado en El Salvador de reconstituir la federación de las Provincias Unidas del Centro de América por lo que liberales y conservadores luchan por el poder.

El licenciado Francisco DUEÑAS es nombrado presidente constitucional de El Salvador (1/2/1852-1/2/1854).

El licenciado Francisco DUEÑAS está de nuevo al frente del Gobierno de El Salvador (12/5/1856-19/7/1856).

Es nombrado presidente de El Salvador el Capitán General Gerardo Barrios (1/2/1860-16/12/1860)

El año 1861 el presidente Barrios pretende obligar a todos los sacerdotes a jurar incondicional sumisión a las leyes y al Gobierno. Respondiendo el obispo Saldaña que el juramento sólo puede admitirse si garantiza las leyes canónicas. Será desoído, y se recurrirá a la violencia.

Es nombrado presidente de El Salvador el Capitán General Gerardo Barrios (7/2/1861-26/10/1863)