El 3 de octubre de 1862 se firma el famoso Concordato con la Santa Sede y el Obispo Saldaña vuelve a su grey.

Guatemala invade El Salvador, derroca al presidente Barrios y da el cargo de nuevo al conservador Francisco DUEÑAS -un civil- (1863-1871).

Vienen a El Salvador los padres Capuchinos, Jesuitas y las Hermanas de la Caridad.

En El Salvador, una revolución derroca al presidente DUEÑAS y lleva al poder a Mariscal Santiago González (12/4/1871-1/2/1876). El clero será el único sector que permanece fiel al gobierno del ex presidente DUEÑAS que tan bueno ha sido con la Iglesia.

En la fecha, en El Salvador, salen expulsados los padres jesuitas, después los padres capuchinos y otros del clero secular. Entre tanto, el Vicepresidente, Lic. Manuel Méndez, introduce la masonería en El Salvador. Se secularizan los cementerios, queda roto el Concordato y finalmente es desterrado el mismo Sr. Cárcamo en compañía de otros ilustres sacerdotes. Siendo ya incapaz el anciano Mons. Pineda y Saldaña, queda encargado del gobierno eclesiástico el Canónigo Dr. José Antonio Aguilar, que pronto será también desterrado con otros tres sacerdotes.

El 6 de agosto de 1872 muere a los 81 años de edad, debilitado el vigor de sus fuerzas mentales, el Ilmo. Mons. Pineda y Saldaña, obispo de El Salvador. El Obispo C?árcamo comienza a gobernar la Diócesis desde su destierro de Nicaragua.

Es nombrado presidente de la República de El Salvador, Andrés Valle (1/2/1876-1/5/1876). Durante la efímera administración del ciudadano don Andrés Valle, la plaza de Ahuachapán fue bombardeada por fuerzas guatemaltecas.

Es nombrado Presidente provisional de la República de El Salvador, después de la guerra con Guatemala que ha llevado a la caída de Andrés del Valle, Rafael Zaldivar y Lazo , siendo elegido poco después (en mayo) de forma definitiva (1/5/1876-6/4/1884). Durante su gobierno promulgará las leyes de extinción de ejidos y tierras comunales (1881-1882) que implicarán la expropiación de la tierras de las comunidades indígenas, para lo cual viajará a Estados Unidos, España, Reino Unido y Francia. Junto a Guatemala y Honduras se propone la creación de una República Centroamericana que fracasará por la proclama como Presidente de la nueva institución del Presidente guatemalteco Barrios y las consiguientes protestas en el interior de El Salvador, así como de Nicaragua y Costa Rica, lo que le llevará a un acuerdo secreto con estos dos países y México con la intención de derrotar a Barrios. El enfrentamiento no tendrá un vencedor claro. Al final deberá abandonar el país y dirigirse al exilio en Francia.

Es nombrado presidente de El Salvador, José Rosales (18/6/1885-22/6/1885).

Es nombrado presidente de El Salvador, el General Francisco Menéndez (22/6/1885-22/6/1890).