Otra dirección de las investigaciones en el caso del Motín de Esquilache, secundaria pero más amenazadora y oculta, apunta hacia los grupos oscuros «de más elevada esfera», que podían haber manejado los hilos de la conspiración. Como gran responsable de lo sucedido el gobierno señala a la Compañía de Jesús. La animadversión contra los jesuitas viene ya de lejos y no se refiere sólo a España. Ya han sido expulsados de Portugal y Francia. El problema tiene muchas causas. El voto jesuita de obediencia a la Santa Sede enfrenta a la Compañía con el regalismo, la doctrina que defiende los derechos del rey frente a los derechos del papa. La doctrina populista, que legitima en algunas condiciones teóricas el derecho de los súbditos a la rebelión, mantenida por destacados jesuitas, indispone a la Compañía con el absolutismo. Existe un gran conflicto entre órdenes religiosas, por motivos doctrinales, morales y económicos y entre el clero de estas órdenes, o clero regular, y el clero secular o diocesano. No eran buenas tampoco sus relaciones con la mayoría de los obispos españoles.
