INOCENCIO III escribe: De todos los anhelos de mi corazón, dos son los que principalmente me acucian en esta vida: la recuperación de Tierra Santa y la reforma de la Iglesia Universal. Para conseguir este último, convoca el IV Concilio Ecuménico de Letrán (12º Concilio Ecuménico) que se inicia, en la fecha, y que proclamará sesenta cánones o decretos. El discurso con que, a modo de oración, abre el Concilio en presencia de setenta y dos metropolitanos, cuatrocientos doce obispos y setecientos abades y priores, lo inicia con las mismas palabras que Cristo en la Última Cena: «Ardientemente he deseado comer esta Pascua con vosotros antes de padecer…». Pascua significa paso, el paso del Señor, y tres pasos importantes quería dar el Papa al final de su vida: convocar una nueva Cruzada, emprender la reforma del clero y pasar él mismo de la tierra al cielo

En el IV Concilio de Letrán se refuerza la disciplina del clero, se definen mejor varios puntos fundamentales de la doctrina católica, como el empleo del término “transubstanciación” para explicar la transformación del pan y del vino en el Cuerpo y la Sangre de Cristo, declarándose este milagro dogma de fe. Por otra parte, establece el que los fieles tengan que confesar y comulgar por lo menos una vez al año, en la Pascua de Resurrección. Afirma, en una síntesis sólidamente trabada, la supremacía del poder espiritual sobre el temporal y el derecho del Papa a intervenir en la vida interior de los estados para hacer respetar la ley divina.

En el IV Concilio de Letrán es repudiada solemnemente la herejía de los cátaros, condenando a los “perfectos” y aun a los simples creyentes. También son excomulgados los “Valdenses”. Por otra parte, se reclama la observancia de los antiguos cánones según los cuales está prohibido a los clérigos pronunciar sentencias que impliquen algún derramamiento de sangre.

En el IV Concilio de Letrán se incita a la exclusión de los judíos en todos los cargos públicos, obligándoles a llevar una insignia circular. (Papas posteriores mitigarán la dureza de tal legislación)

En 1215 el IV Concilio Lateranense prescribe reuniones trienales de los abades de monasterios de una misma provincia, y visitas periódicas para velar por la observancia. El papa BENEDICTO XII reagrupa a los monasterios en provincias. Las primeras Congregaciones Benedictinas que se formaron son: Melk (Austria), Sta. Justina de Padua (Italia), Bursfeld (Alemania), Valladolid (España), y Pannohalma (Hungria).