Francisco de MONTEJO inicia la conquista española de Yucatán. Sólo quedan grupos de mayas en lucha constante. No obstante la conquista de Yucatán durará diecinueve años, hasta 1546.

Los indómitos cuscatlecos incendian la colonia de Cuscatlán y ésta es despoblada por los castellanos. Una seguna expedición colonizadora es enviada por los españoles a Cuscatlán, refundando la villa de San Salvador en el valle de la Bermuda el 1 de abril de 1528, cerca y al sudoeste del núcleo indio de Suchitoto. El período de la conquista termina desde el momento en que aparecen fundadas las Tenencias del Capitán General y el Justicia Mayor. Se inaugura a partir de entonces la época de la dominación hispánica, en que El Salvador permanecerá englobada en la Capitanía General de Guatemala, dependiente del Virreinato de México, y su historia irá comprendida en la de Guatemala (1524-1542).

Tras la conquista sobre los mexicas y otros pueblos de Mesoamérica, realizada entre 1519 y 1521, el emperador CARLOS I nombra a Hernán CORTÉS Gobernador del territorio conquistado, le concede la Encomienda de Santiago, el marquesado de Oaxaca, el señorío sobre extensos territorios, y otros honores. Por su parte CORTÉS, en premio a las hazañas de su gente, les otorga tierras e indios para que las trabajen; pero el rey se opone al desarrollo de una aristocracia rural con aspiraciones señoriales, y los conquistadores tienen que conformarse con las encomiendas. La encomienda es una institución característica de la colonización española de América y Filipinas, establecida como un derecho otorgado por el Rey en favor de un súbdito español (encomendero) con el objeto de que éste perciba los tributos que unos determinados indígenas deben pagar a la corona, en consideración a su calidad de súbditos de la misma; a cambio, el encomendero debe cuidar del bienestar de los indígenas en lo espiritual y en lo terrenal, asegurando su mantenimiento y su protección, así como su adoctrinamiento cristiano.

La Conquista de Tenochtitlán abre paso a la colonización, y ésta traerá consigo la necesidad de implantar instituciones así como formas de vida diferentes. Paralela y gradualmente, se producirá uno de los elementos más singulares de la historia mexicana: el mestizaje, fenómeno que resultará de la amalgama físico cultural española e indígena. Como justificación a la conquista material que se está llevando a cabo en las tierras recién descubiertas, es imprescindible para la Corona la ayuda y participación de órdenes religiosas que se dediquen a enseñar a los indígenas la religión católica. Amparados bajo la idea de que los indios son semisalvajes e idólatras, los conquistadores encuentran en la evangelización el pretexto para intervenir en sus vidas e imponer la cultura española.

A poco de consumada la Conquista de Tenochtitlán, el territorio adquiere una definición geográfica: la Nueva España, denominación que será luego aplicada políticamente al reino o gobierno en el centro de México y también al virreinato, con una jurisdicción mayor que abarcará a otras. El descubrimiento, la Conquista y la colonización de nuevas tierras contribuirán poco a poco a consolidar el imperio español, y serán base de la empresa comercial a la que se entregará inicialmente la Corona castellana para acrecentar su poderío. Grupos de españoles saldrán a conquistar y colonizar desde España o América para entregarse a una empresa mixta (pública y privada), porque el reino de Castilla tiene pocos recursos para emprenderla por sí sola. En su mayor parte, aquélla es patrocinada por particulares asumiendo la forma mixta, éstos la proponen y organizan, la Corona la autoriza, participa en los beneficios y la fiscaliza. La Conquista de Tenochtitlán abrió paso a la colonización, y ésta trajo consigo la necesidad de implantar instituciones. Paralela y gradualmente, se produjo el fenómeno del mestizaje, fenómeno que resultó de la amalgama físico cultural española e indígena.

España mantendrá bajo su control los territorios que después serán denominados Virreinato de Nueva España, desde 1529 hasta 1821. Este virreinato estará constituido por el actual país de México, y los estados de California, Nuevo México, Arizona, Texas, Nevada, Florida, Utah y parte de Colorado, Wyoming, Kansas y Oklahoma en Estados Unidos.

La mítica ciudad de El Dorado donde el oro abundaba como los cantos rodados en los pedregales de Castilla no aparece por parte alguna, pero los dos extensos territorios incorporados al imperio español (Virreinatos de Nueva España en México y de Lima en Perú) eran ya suficientemente ricos y además se descubrieron en ellos dos buenos filones de plata (Zacatecas, en México y Potosí en Perú). Todavía en España se escucha decir a veces para ponderar un precio: \”Vales un Potosí\”. América no era la India, no había especias, no había pagodas con los techos de oro, pero comenzaba a ser rentable.

Ya varios años antes de la desaparición de los taínos, Santo Domingo pierde su posición de principal colonia española en el Nuevo Mundo. Su falta de riquezas minerales la condenan al abandono por la Madre Patria, especialmente luego de la conquista de la Nueva España (México). En 1535, el Virreinato de Nueva España, que incluye México y el istmo de América Central, incorpora a Santo Domingo, cuya importancia seguirá disminuyendo aún más después de la conquista del rico reino de los Incas en Perú en 1543. La agricultura se convertirá en la actividad principal de la economía isleña.

El Virreinato de Nueva España es una entidad territorial, integrante del Imperio español, establecida por la Corona de España durante su periodo de dominio americano. Es creado tras la conquista sobre los mexicas y otros pueblos de Mesoamérica, realizada entre 1519 y 1521 por las tropas de Hernán Cortés, por Real cédula de Carlos I, el 1 de enero de 1535.

Instauración oficial del Virreinato de Nueva España. Se realiza el 8 de marzo del mismo año. Su primer virrey fue Antonio de Mendoza y la capital del virreinato fue la Ciudad de México. El virreinato de Nueva España llegará a abarcar los territorios del Imperio español en Norteamérica, Centroamérica, Asia y Oceanía. La organización del territorio se llevará a cabo a partir de las encomiendas, que eran otorgadas preferentemente a aquellos conquistadores que participaron en la conquista de México, y por ello los encomenderos tenían el poder absoluto y se encargaban de organizar el trabajo de sus habitantes en sus respectivas demarcaciones. Los recursos minerales hallados bajo el suelo de la Nueva España, con importantes centros mineros como Guanajuato, San Luis Potosí e Hidalgo, constituyeron una de la más grandes fuentes de riqueza para la corona.