La primera preocupación de FELIPE III al ser nombrado rey, es exigir las llaves de los muebles que guardan los documentos secretos del Reino; una vez en posesión de ellas, y ante todos los notables de la corte, los entrega a su admirado Francisco de SANDOVAL y Rojas, marques de Denia, y muy pronto duque de Lerma.

En 1599, FELIPE III otorga a su valido Francisco de SANDOVAL, el título de Duque de LERMA y entra así en la categoría de Grande de España. A su vez, el duque de Lerma delegará en su valido personal Rodrigo Calderón (valido del valido). Con lo que todos saben desde este instante quien gobierna en España. En efecto, en su tiempo se implanta el gobierno de los validos, esto es, personajes en los que el rey descarga las tareas de gobierno. El Duque de LERMA propugnará una política pacífica: paz con Jacobo I de Inglaterra y tregua de doce años con los Países Bajos. El poder del Duque de LERMA será inmenso: llegará a manejar el sello real como Sumiller de Corps, consigue controlar el reino y tomar él solo todas las decisiones políticas entre 1599 y 1618.

Para el valido de FELIPE III, el famoso Duque de Lerma, Francisco Gómez de SANDOVAL, lo único importante es su enriquecimiento personal y, para lograrlo, deja hundir en el caos y la inmoralidad la administración del Reino. En su afan de ejercer un dominio absoluto sobre el rey, y para evitar, por tanto, la influencia sobre FELIPE III de su madre ANA de Austria, y sobre todo de su tía, la emperatriz MARÍA de Habsburgo, hermana de su padre, y residente en el monasterio de las Descalzas Reales, convence al rey para trasladar la Corte de Madrid a Valladolid. Así, el 11 de enero de 1601 se hace público el traslado de la Corte a Valladolid, donde permanecerá hasta el 4 de marzo de 1606.

El rey FELIPE III de españa, entrará en Valladolid el 9 de febrero. La ciudad acogerá, entonces, a unos 15.000 vecinos y se construirán en ella 400 casas grandes o palacios, entre los que destacará el del Duque de Lerma, todos ellos labrados en cantería. Con ello, el valido, Francisco de SANDOVAL, además de hacer pingües negocios vendiendo propiedades que previamente ha adquirido a bajo precio (especulación), mantiene a FELIPE III y a su joven esposa en un dorado aislamiento de fiestas y cacerías, mientras él maneja a su antojo las riendas del Estado. La verdad es que a partir de este momento cualquier acontecimiento era ocasión para celebrar por todo lo alto, un verdadero rosario de festejos. Para algunos, por otra parte, se trata de una estrategia dirigida a revitalizar la economía castellana y leonesa con Valladolid como motor.

Cambian las cosas cuando en 1603 fallece en Madrid, MARÍA de Habsburgo, la tía de FELIPE III, dejando al valido el camino libre. Un LERMA que nunca habría considerado como definitivo el traslado de la Corte, como parece demostrarlo el hecho de que se lanzase a comprar suelo madrileño nada más conocer el desplome de sus precios, tras la salida de los reyes. ¿Estaba el Duque de Lerma preparando ya su siguiente “pelotazo” urbanístico? Lo cierto es que desde 1603, el valido viene maniobrando con el alcalde de Madrid para negociar el regreso de la Corte. Un regreso más que deseado por las autoridades madrileñas, que llegan a ofrecer al Monarca 250.000 ducados en caso de llevarlo a cabo.

Poco dura el traslado de la Corte de FELIPE III a Valladolid. El Duque de Lerma consigue de nuevo que el Rey, FELIPE III, regrese a Madrid. (La Corte estaba en Valladolid desde 1601). En efecto, en 20 de febrero de 1606, los reyes salen con sus hijos de Valladolid. Para el duque, los resultados no se hacen esperar; además de una tercera parte de los 250.000 ducados que ha pagado el Ayuntamiento de Madrid, el valido recibe unos terrenos en el Prado de San Jerónimo para edificar su casa.

En la fecha, FELIPE III acepta la propuesta del Duque de LERMA y toma la decisión de expulsar a los moriscos de España. El Duque de LERMA teme, sin embargo, la repercusión económica que tendrá aquella medida, por lo que decide que los dueños de moriscos sean indemnizados, atribuyéndoles la libre disposición de las tierras que aquellos han cultivado.

FELIPE III, en la fecha, atendiendo por fin al clamor unánime de sus súbditos, se deshace del Duque de Lerma, pero sólo para caer en manos del hijo del duque de Lerma, duque de Uceda, personaje que une a la rapacidad del padre una manifiesta y absoluta incapacidad para todo lo que sea gobernar. La reina Margarita, esposa de FELIPE III, y algunos consejeros no son partidarios de los abusos e influencia del Duque de LERMA. Hay una investigación de las finanzas que descubre el entramado de corrupción e irregularidades. Empiezan a caer culpables e implicados, entre otros el valido del duque, don Rodrigo Calderón, que es ejecutado en la plaza Mayor de Madrid. Ante los acontecimientos, el duque aplica una estratagema que salvará su vida: solicita de Roma el capelo cardenalicio que se le concede en 1618. Así, tras recibir este mismo año el capelo cardenalicio, el Duque de Lerma recibe permiso del rey para retirarse a sus dominios en la ciudad de Lerma. Cuando le es concedido el cardenalato corre por Madrid una coplilla que dice: «Para no morir ahorcado, el mayor ladrón de España, se viste de colorado».

Fallece Francisco de SANDOVAL, el que ha sido Duque de Lerma, valido de Felipe III. Fue el hombre más poderoso del reinado de Felipe III. Se hizo inmensamente rico a costa de saber manejar el tráfico de influencias, la corrupción y la venta de cargos públicos. Por otra parte fue un verdadero mecenas en la ciudad de Lerma en Burgos, donde empleó gran parte de su fortuna en engrandecerla y embellecerla contratando a los más sobresalientes arquitectos y utilizando los mejores materiales. Sin embargo, esta versión que cobra arraigo popular en la época, y que sitúa al Duque de Lerma como corrupto, está completamente discutida por diversos historiadores que sitúan al Duque como víctima de una conspiración, orquestada por Gaspar de Guzmán y Pimentel, Conde-Duque de Olivares, por Luis de Aliaga, un dominico aragonés nombrado confesor del rey por influencia del de Lerma, y por su propio hijo, el Duque de Uceda, deseoso de sustituir a su padre.