Tras haber sido sofocado el levantamiento mudéjar en Andalucía, los REYES CATÓLICOS toman contra los mudéjares las mismas medidas que en 1492 decretaron contra los judíos: una orden real datada el 12 de febrero de 1502, recoge dos alternativas: Los mudéjares de Castilla pueden optar entre la conversión o el exilio. De hecho, la posibilidad de elección no existe ya que las condiciones de emigración son difíciles. Entre otros impedimentos, los niños menores de 15 años y las niñas menores de 13 deben quedarse en la Península. En consecuencia los bautismos son masivos, y los recién convertidos serán conocidos desde entonces como moriscos. Más de 300.000 moros granadinos abandonan la Península. La mayoría opta por la conversión, pasando a ser de esa manera el primer núcleo morisco de España.

Después del periodo árabe en la Península Ibérica, en 1492 los judíos y moros expulsados de España se habían establecido en Argelia ejerciendo desde allí actos de piratería. Deseoso de llevar a cabo el testamento político de Isabel la Católica en el norte de África, el cardenal Cisneros, arzobispo de Toledo y Primado de España, financia la organización de un ejército con las rentas de su cargo para asestar un golpe a los moriscos en su refugio de Orán (Argelia). Gracias a su tesón, el rey católico aprueba la empresa, acepta el embarque del cardenal con el ejército y pone a su frente a Pedro Navarro, veterano en las campañas de Italia a las órdenes de El Gran Capitán. La flota zarpa el 16 de mayo de 1509. Está formaba de 90 naves de diferentes clases para el transporte de la tropa, la artillería y el abundante aprovisionamiento necesario. Al día siguiente -17 de mayo de 1509- la flota llega a Mazalquivir después de anochecido. Orán se halla a un tiro de piedra de Mazalquivir, situada con una llanura al norte y una áspera sierra al sur, que se dirige en pendiente hacia Mazalquivir. Los cristianos desembarcan y expulsan de Orán a los árabes.

CARLOS V que quiere conseguir la uniformidad religiosa de sus dominios hispánicos, obtiene una bula papal que le facilita el proceso ya que una junta de teólogos proclama la validez de los bautismos forzosos efectuados por los agermanados en 1521. La medida provoca el estallido de algunas revueltas e intensifica la emigración hacia el norte de África. Sin embargo la inmensa mayoría de los antiguos mudéjares (ahora moriscos) opta por quedarse y negociar una aplicación moderada de los efectos de su nueva condición religiosa. Una Real cédula de CARLOS I de fecha 4 de abril de 1525, declara cristianos a los mudéjares convertidos, y les impone -por tanto-, la obligación de comportarse como tales. La medida propicia una sublevación.

Revuelta de los moriscos en la sierra de Espadán.

El rey CARLOS I emite una pragmática, fechada en Granada el 7 de diciembre de 1526, por la que se conmina a los musulmanes a no trabajar en días festivos cristianos y a no llamar a la oración. Tenían que llevar una indumentaria especial para que se les reconociera. Prohíbe a los moriscos el uso de costumbres, trajes y nombres árabes o musulmanes, al tiempo que se ponen medidas para terminar con la endogamia morisca y se les invita a la conversión definitiva. Sin embargo, a cambio del pago de determinados impuestos, fue retrasándose la aplicación de tales medidas.

El levantamiento agermanado ha traído consigo unos años de fuerte inestabilidad social y política, muchas muertes en los campos de batalla, una persecución de los moriscos y una represión intermitente y duradera, factores que causarán grandes perturbaciones en la organización social valenciana. Parecidas consecuencias se dejarán sentir en las vecinas islas Baleares al extenderse la rebelión antiseñorial y contra la oligarquía municipal por tierras mallorquinas. Las luchas sociales son allí todavía más intensas, al igual que lo será la represión contra los sublevados una vez que se ponga fin a la revuelta por las tropas reales y las fuerzas nobiliarias. Se termina así el período revolucionario que ha sacudido a los reinos hispanos en los años iniciales del reinado de Carlos I.

En la primera parte del reinado de FELIPE II, la prioridad política otorgada a la frontera de la cristiandad con los turcos y berberiscos da lugar al incremento de la atención prestada a los problemas del reino de Valencia. Pero el objetivo básico es garantizar la seguridad de la monarquía, como pone de manifiesto el desarme general de los moriscos que se decreta en la fecha; se evita, asimismo, que esta minoría pueda actuar como quinta columna en una posible invasión musulmana de la Península. FELIPE II acuerda la paz con SOLIMÁN y los cautivos de los piratas turcos y berberiscos regresan a España hablando de un mundo nuevo, de unas cortes fastuosas, de unas costumbres que en nada se parecen a todo lo conocido por ellos en la cristiandad.

El 1 de enero de 1567, aniversario de la entrada triunfal de los Reyes Católicos en Granada, Pedro de Deza, nombrado ex profeso presidente de la Audiencia de Granada, promulga el edicto contra los moriscos que ha elaborado el sínodo episcopal de la provincia de Granada y empieza a ponerlo en práctica. Este edicto impone duras prohibiciones a los moriscos de Granada. El conjunto de medidas tomadas tiene como fin desnaturalizar a los moriscos y hacer de ellos católicos castellanos. Las autoridades creen que esto se puede llevar a cabo mediante un decreto gubernamental para el que no han previsto ni siquiera oposición. Pero la pragmática será la chispa que hará estallar el polvorín.

El temor de que los moriscos de Valencia apoyen algún tipo de rebelión se intensifica como consecuencia de la sublevación de los moriscos granadinos en 1568, llegándose a barajar la posibilidad de que dicha minoría constituya el punto de apoyo de una posible ofensiva turca sobre la península.

El empeño de FELIPE II de que no quede nada en España que se aparte del puro catolicismo, le induce a volverse contra los musulmanes que aún habitan el país y que se han convertido al catolicismo. Mantienen su cultura y tradiciones (religión aparte) y se denominan “moriscos”. El rey también sospecha de los judíos que han abrazado el catolicismo, a los que se llama “marranos”. En ambos casos se les atribuyen prácticas secretas de sus anteriores religiones. En 1568, la situación con los moriscos -que son más numerosos que los marranos- ha llegado a ser tan intolerable que Aben Humeya, guerrero morisco, cuyo nombre cristiano es Fernando de Córdoba y Válor (1520-1568) se rebela contra FELIPE II e inicia, en la fecha, la guerra de las Alpujarras, sesenta y nueve años después de la primera. Es reconocido como rey de Granada y Córdoba. Las fuerzas de Juan de Austria la liquidarán expeditivamente.