Los reyes posteriores continuarán jurando las leyes propias navarras. Sin embargo, a partir del siglo XVIII, los fueros comenzarán a ser definitivamente atacados hasta ser abolidos en el siglo XIX. Como justificación ideológica adicional, aparte del tratado de Blois (que fue la excusa que consideró a Navarra un estado enemigo) FERNANDO el Católico tiene a su favor el hecho de que el papa Julio II excomulga a los reyes de Navarra y les desposee del reino alegando connivencias de la casa real navarra con el protestantismo que se estaba extendiendo por el sur de Francia y su alianza con el monarca francés Francisco I, declarado cismático. En 1516, el cardenal CISNEROS ordena eliminar todos los signos defensivos de Navarra, debido a la imposibilidad de defender con el ejército castellano todos los castillos. Navarra ha llegado a tener más de un centenar de castillos en todo lo que fue el Reino de Navarra. Muy pocos quedarán en pie, y aún éstos parcialmente, desmochados.

El Cardenal CISNEROS, sofocará una intentona de emancipación de Navarra, acabará con muchos abusos, poniendo de este modo la Hacienda Pública en próspera situación, trabajará cuanto pueda para evitar la introducción de negros en América, y mejorar la condición de los naturales en nuestras colonias. Tanto los nobles castellanos como los flamencos, que empiezan a acudir como buitres a Castilla, se pondrán en contra del cardenal CISNEROS.

Cuando un sector de la nobleza se reúne en Guadalajara para deponer a CISNEROS -cuya mano dura no le hace precisamente popular- y para entronizar a FERNANDO, el hermano de CARLOS de Gante, el cardenal CISNEROS consigue ser más rápido y aleja al infante. Luego crea una milicia, denominada Gente de Ordenanza, que le sirve de fuerza permanente de disuasión. Cuando los nobles castellanos, en una audiencia, le exigen que diga en virtud de qué poder los gobierna, CISNEROS, abriendo el balcón y señalando a los guardias que en hay en el patio, dirá: “Éstos son mis poderes”. Por entonces, CISNEROS tiene unos ochenta años y demuestra tener el mismo vigor que en su juventud.

Entretanto, los más leales servidores de Fernando II se trasladan a Bruselas para ponerse a disposición del nuevo rey. Los castellanos ven perfilarse un futuro gobernado por flamencos y aragoneses, algunos de éstos, para más escarnio, judíos conversos. CARLOS acaba de cumplir los dieciséis años y es un joven frío, indeciso e influenciable, que sólo se interesa por la caza y la equitación. No ha sido verdaderamente educado para la tarea que se le viene encima. Como no ha estado nunca en España, y ni siquiera conoce su idioma, no parece tener prisa en partir hacia sus estados, y encarga a muchos de sus consejeros flamencos que gobiernen el país; así, ADRIANO de Utrecht comparte la regencia con el cardenal español Jiménez de CISNEROS, y el fiel CHIEVRES dirige, en la práctica, la política española. En pocos meses, los flamencos ocupan los cargos más ostensibles, y son acusados por los españoles de saquear vergonzosamente el país, de encauzar todo el oro hacia los Países Bajos, de ignorar las costumbres nacionales y de oprimir a la población.

Carlos quiere la totalidad del poder por lo que se hace proclamar rey de las Españas.

Habiendo fallecido el rey de España, Fernando el Católico. Esta situación de crisis es aprovechada por el sultán de Argel, hasta entonces vasallo de España, para romper sus lazos con el Imperio español. El sultán llama a Aruj BARBARROJA y éste acude con un ejército a Argel para ayudar al sultán contra los españoles, sus grandes enemigos. Cuando Aruj toma la ciudad de Argel, todos los españoles que viven allí huyen y se refugian en un fuerte construido en una isla de la costa argelina, en el Peñón de Argel. Éstos piden ayuda a España y el nuevo regente hasta la llegada del rey CARLOS, el cardenal CISNEROS, envía al ejército con el fin de recuperar Argel. Sin embargo, la batalla es a favor de BARBARROJA y sus corsarios. Pero, deseoso de un reino, BARBARROJA acaba decapitando al sultán y se proclama rey (bey) o sultán de Argel. Aruj se llevó a su hermano Hayreddín, su mano derecha, a su nuevo reino. La leyenda cuenta que convirtió Argel en su reino personal, como si fuera un gobierno corsario, y que obligó a la viuda del sultán a casarse con él.

CISNEROS quiere ir a recibir al joven rey, pero sus achaques le impiden acceder hasta Tordesillas, donde el futuro emperador se ha trasladado para saludar a su madre, JUANA I la Loca. En Roa, CISNEROS recibe una cordial carta del futuro emperador a la que contesta con otra carta suya. Es la última que escribirá. Después se explicará que, aconsejado por los cortesanos flamencos que le rodean, CARLOS I escribe una segunda epístola al cardenal, relevándole de su cargo, y que al leerla, CISNEROS muere -en la fecha- del disgusto. Parece ser que se ha demostrado por algunos historiadores que el cardenal no llegará a conocer el contenido de tal misiva. Tenía 81 años de edad.