En medio del caos político y la inestabilidad de su presidencia, FUJIMORI viaja el 13 de noviembre a la reunión del APEC en Brunei, Asia, en su condición de Presidente del Perú. Al finalizar esta conferencia, viaja al Japón. Ante el temor de que sea denunciado penalmente por los actos de corrupción de su gobierno y alegando falta explicita de garantías contra su vida; FUJIMORI, desde Tokio remite por fax al Congreso de la República, su renuncia formal y luego, envía un fax a sus partidarios, anunciándoles que renunciaba a la Presidencia de la República.

A FUJIMORI se le acredita haber logrado restaurar la estabilidad macroeconómica del Perú y restaurar la paz y seguridad interna después de la presidencia de Alan García a finales de la década de 1980. Sin embargo, ha sido criticado fuertemente por su particular estilo de gobierno, siendo calificado como autoritario por sus detractores, en especial después del llamado Autogolpe de 1992.

Ante la insólita actuación del presidente de Perú, FUJIMORI, la corrupción descubierta, y una alegada irresponsabilidad, el Congreso de la República decide rechazar la renuncia y declarar vacante la Presidencia de la República aduciendo incapacidad moral y lo inhabilita para ejercer cualquier cargo público por un periodo de 10 años. Fujimori deja la presidencia y huye a Japón.

Dos masacres perpetradas por paramilitares en 1991 y 1992, en lo más álgido de la guerra contra Sendero Luminoso, han servido al Congreso peruano para acusar a Alberto Fujimori -que se encuentra en el Japón- de crímenes de lesa humanidad a fin de lograr que Japón lo extradite -a lo que se niega- o se le pueda perseguir internacionalemnte.

En octubre de 2005, Fujimori hace oficialmente público su deseo de participar en las elecciones presidenciales del Perú en el año 2006. Su candidatura es tachada por el Jurado Nacional de Elecciones, al recalcar el impedimento político que el Parlamento Peruano ha sancionado.

El 7 de noviembre de 2005 Alberto Fujimori viaja a Chile, donde es detenido por las autoridades de este país iniciándose, a instancias del gobierno peruano, el 11 de noviembre del mismo año, un proceso de extradición en su contra.

El 21 de septiembre de 2007, la Corte Suprema de Chile acoge la petición para extraditar a Fujimori hacia el Perú.

El día 22 de septiembre de 2007, Alberto FUJIMORI regresa al Perú para responder por sus actos ante la justicia peruana. Es trasladado y recluido en la Dirección de Operaciones Especiales (Diroes) de la Policía Nacional del Perú. El Ministro de Relaciones Exteriores del Perú, José Antonio García Belaúnde, asegura que el Gobierno no se prestará a un espectáculo mediático mientras dure el juicio al que será sometido Alberto Fujimori.

El ex presidente peruano Alberto FUJIMORI ha sido condenado a seis años de cárcel por el robo de vídeos comprometedores en el domicilio de la esposa de su principal asesor, Vladimiro Montesinos. Esta primera sentencia parece presumir que el ex mandatario difícilmente gozará de libertad en lo que le resta de vida, ya que tiene pendientes acusaciones mucho más graves por asesinato y corrupción. El 7 de noviembre del 2000, Fujimori ordenó el secuestro de vídeos que contenían evidencias de actos de corrupción de su gobierno, material que Montesinos ocultaba. La difusión de algunas cintas, que mostraban la compra de diputados y otras prácticas de corrupción, provocó la caída de un régimen poderoso que dominó la vida peruana durante diez años.

En Perú, el ex presidente Alberto Fujimori, extraditado desde Chile, es condenado a veinticinco años de prisión por delitos de lesa humanidad en los casos de las matanzas de Barrios Altos en 1991 y la Universidad La Cantuta en 1992, realizados durante su mandato por el grupo Colina.