Los bombardeos sobre Grozni marcan el inicio de una de las batallas más cruentas. En el bando checheno destaca MASJADOV que coordina la exitosa defensa del centro del Grozny, en especial el palacio presidencial lo que le valdrá ser promocionado por DUDAYEV a jefe del Estado Mayor con mando sobre todas las fuerzas chechenas. Mientras Yeltsin anuncia públicamente el cese de los bombardeos y el inicio de negociaciones, en Grozni las bombas caen sin cesar. La guerrilla ofrece una gran resistencia y se bate en retirada para hacerse fuertes en otras ciudades del país. La violencia llega a tal extremo que los ocupantes no hacen prisioneros, sino que ejecutan directamente a los chechenos que caen en sus manos. La crueldad y el ensañamiento destructivo de los soldados rusos, origina repercusiones inesperadas. Los hombres de Labazanov, comandante de las tropas dependientes del Consejo Provisional, rompen con Moscú y pasan a la ofensiva contra las tropas rusas. En las regiones limítrofes se sabotean las comunicaciones. Algunos oficiales se niegan a obedecer las órdenes de avanzar sobre los civiles. Se producen más de 25.000 muertos, la mayoría civiles.

A la lucha de los clanes y las peleas por el poder entre los moderados de Masjadov (alejados del movimiento wahabí) y los radicales de BASAIEV se une la nueva ideología. El sueño de construir un gran califato en el antiguo territorio de la URSS pasa a convertirse en un plan que todavía hoy persiguen. Además de las repúblicas de Ingushetia, Chechenia y Daguestán, los extremistas han puesto el ojo en todas las regiones del Cáucaso ruso, las repúblicas y provincias musulmanas entre el río Volga y el sur de los Urales, más, la última parte del plan, las ex repúblicas soviéticas de Asia Central: Kazajistán, Turkmenistán, Uzbekistán Kirguizistán y Tayikistán.

En agosto de 1996, YELTSIN, cada vez más débil de salud, saca fuerzas para encomendar al general Alexander LEBED, presidente del Consejo de Seguridad tras sus excelentes resultados electorales, la pacificación de Chechenia. Lebed, que se opone a una intervención masiva del ejército ruso, emprende unas difíciles negociaciones con el jefe del Estado Mayor de las fuerzas separatistas, Aslan MASJADOV. LEBED se juega todo a una carta, no en vano en Chechenia se libra en este momento la batalla por el poder de Moscú.

Desmilitarizada Grozny (en la práctica, la retirada la hacen las tropas rusas), el 19 de octubre se constituye un Gobierno de coalición -hasta las próximas elecciones de enero 1997- que trata de conciliar las diferentes fracciones chechenas y cuya presidencia recae en MASJADOV. Este ejecutivo se contrapone al poder del radical Zelimján Yandarbíyev, sustituto en la presidencia del fallecido Dudáyev. Yandarbíyev es considerado simpatizante de las prácticas terroristas de los comandantes guerrilleros Shamil Basáyev y Salman Raduiev, que han ganado renombre por las espectaculares tomas de rehenes en Budennovsk (junio de 1995) y Pervomaiskoe (enero de 1996).

El 23 de noviembre MASJADOV se desplaza a Moscú para firmar con el primer ministro ruso Víktor Chernomyrdin un acuerdo interino regulatorio de las relaciones ruso-chechenas en las materias de economía, comunicaciones y refugiados. En este estadio, Moscú parece resignarse a una independencia de facto de Chechenia -de hecho el acuerdo de Jasavyurt tan sólo hablaba de posponer cualquier decisión sobre el estatus final hasta el 31 de diciembre de 2001-, en tanto las autoridades de Grozny le han dado garantías para la extracción y procesado del petróleo checheno y la seguridad del tramo local del oleoducto Bakú-Novorossiisk, cuya integridad es vital para poder competir con la ruta georgiano-turca en el transporte del prometedor petróleo azerí.

En Chechenia, en enero de 1997, se celebran elecciones presidenciales y legislativas. Son ganadas por Aslan MASJADOV con el 59,3% de los votos, seguido por BASAIEV y Yandarbíyev. El 12 de febrero toma posesión de la presidencia, a la que añade de nuevo la jefatura del Gobierno. Reanuda de inmediato los contactos al más alto nivel con el gobierno ruso.

El perfil de moderado de MASJADOV se refuerza en sus primeras actuaciones dirigidas a restablecer el orden interno, siempre amenazado por la profusión de armas, la rivalidad entre los clanes tradicionales y el bandidismo, someter a las unidades guerrilleras renegadas y alcanzar un modus vivendi con las autoridades del Kremlin. El 12 de mayo se reúne con Yeltsin en Moscú para la firma de un tratado de paz que la parte chechena se apresura a presentar como el reconocimiento de la República como “unidad de derecho internacional”, si bien la cuestión del estatus vuelve a estar ausente. En los meses siguientes, MASJADOV rechazará las propuestas rusas de un tratado de unión similar al de la República de Tatarstán, que otorga amplias cotas de autogobierno, e insiste en una salida independentista en términos amistosos.

En la fecha, MASJADOV proclama la República Islámica de Chechenia.

Mientras las negociaciones con los rusos se abocan a un punto muerto, MASJADOV encuentra también crecientes dificultades para consolidarse en el poder. El 1 de enero de 1998 se desprende de la jefatura del Gobierno y nombra a BASAIEV para el cargo, en un intento de aunar apoyos tras colocarse Yandarbíyev, Radúyev, Movladi Udúgov y otros desatacados dirigentes chechenos en el partido antirruso, enemigo de cualquier componenda con Moscú y partidario de una independencia inmediata y reconocida internacionalmente.

En Chechenia, BASAIEV dimite, en la fecha, de su cargo de Jefe de Gobierno. Este hecho, marca el inicio de la ruptura con MASJADOV (que retoma la jefatura del Gobierno) y el enfrentamiento directo de éste con los radicales. En los últimos meses del año MASJADOV reiterará sus críticas a la oposición, a la que acusará de fomentar una cultura de la violencia, generar inestabilidad, provocar a Moscú con el rapto de ciudadanos rusos y tramar con poderes extranjeros la introducción del wahabismo en Chechenia.